代持人擅自转移股权，确认转让行为无效的诉讼时效问题，核心结论在于：一般情况下，确认转让行为无效的诉讼时效为三年，但具体起算点及特殊情况需结合案情分析。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般诉讼时效规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。” 在代持人擅自转移股权，导致实际出资人权益受损的情况下，实际出资人请求确认转让行为无效，属于请求保护民事权利的范畴，因此一般适用三年的诉讼时效期间。
二、诉讼时效的起算点
诉讼时效的起算点通常是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在代持股权的情境中，这通常意味着：
实际出资人知道或应当知道股权被擅自转让时：如果实际出资人通过某种方式（如公司登记信息变更、收到相关通知等）得知其代持的股权被擅自转让，那么从这一刻起，诉讼时效开始计算。
代持协议中有特别约定时：如果代持协议中明确规定了股权转让的通知义务或确认程序，且代持人未按照约定履行，导致实际出资人未能及时知晓股权转让情况，那么诉讼时效的起算点可能会根据协议的具体约定而有所调整。
三、特殊情况下的诉讼时效
最长诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条第二款：“自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。” 这意味着，即使实际出资人不知道或不应知道其权利受到损害，从权利实际受到损害之日起超过二十年的，其请求确认转让行为无效的权利也将不再受法律保护。但这一规定适用于极端情况，且法院有权根据特殊情况决定延长。
诉讼时效的中断与中止：在诉讼时效期间内，如果发生法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），导致诉讼时效暂时停止计算（中止）或重新开始计算（中断），那么实际出资人请求确认转让行为无效的诉讼时效期间也会相应受到影响。
四、法律建议
及时行使权利：实际出资人一旦发现代持人擅自转移股权，应尽快采取法律措施，如向法院提起诉讼或向相关监管部门投诉，以避免因诉讼时效过期而丧失权利。
保留证据：在采取法律措施前，实际出资人应尽可能收集并保留与股权代持、转让相关的所有证据，如代持协议、股权转让协议、公司登记信息等，以便在诉讼中证明自己的权益。
咨询专业律师：由于股权代持和转让问题涉及复杂的法律关系和证据收集，实际出资人在处理此类问题时，应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。
如有具体案情或进一步疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。