关于与子公司工会合作协议是否有效的问题，这主要取决于协议的具体内容、签订程序以及是否符合相关法律法规的规定。以下从几个关键角度进行分析：
协议内容合法性：
- 合作协议的内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议中不能包含非法用工、侵犯员工权益等违法条款。
- 如果协议内容涉及劳动权益、福利待遇等敏感领域，应确保这些条款符合《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定。
签订程序合规性：
- 合作协议的签订应遵循公司章程和内部管理制度的规定，确保签订程序合法合规。例如，可能需要经过公司董事会或股东会的审议批准。
- 如果子公司工会作为协议的一方，应确保其具有签订协议的合法资格和授权。这通常涉及到工会的组织架构、代表权限等方面的法律规定。
双方主体资格：
- 签订合作协议的双方应具备相应的民事主体资格。对于公司而言，应确保其依法设立并有效存续；对于子公司工会而言，应确保其依法成立并具备代表员工利益的合法地位。
- 如果一方主体资格存在瑕疵，如未依法登记注册或已被撤销等，则可能影响协议的效力。
协议形式要求：
- 根据相关法律法规的规定，某些类型的合同可能需要采用书面形式或其他特定形式才能生效。对于与子公司工会的合作协议而言，虽然不一定要求严格的书面形式，但为了确保协议的明确性和可执行性，建议采用书面形式并加盖双方公章或合同专用章。
法律建议：
- 在签订合作协议前，建议对协议内容进行全面审查，确保符合相关法律法规的规定和双方的实际需求。
- 如果对协议的法律效力存在疑虑或不确定之处，可以寻求专业律师的法律意见和协助。律师可以对协议进行法律风险评估和合规性审查，并提供相应的法律建议和修改意见。
- 在签订协议后，双方应严格按照协议约定履行各自的义务和责任。如果发生争议或纠纷，可以依据协议约定和相关法律法规进行协商解决或提起诉讼。
可能后果：
- 如果合作协议存在违法内容或签订程序不合规等情形，可能导致协议无效或被撤销。这将给双方带来不必要的法律风险和经济损失。
- 如果一方违反协议约定或未履行相应义务，另一方有权要求其承担违约责任或赔偿损失。在严重情况下，还可能涉及法律诉讼和仲裁等程序。
综上所述，与子公司工会的合作协议是否有效取决于多个因素的综合考量。为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订前进行全面审查和法律风险评估，并在必要时寻求专业律师的协助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。