针对您提出的问题，即“公司地址在隔壁但没在那里办公是否违法”，我们需要从多个角度进行分析。

首先，从公司注册地址与实际经营地址的关系来看，公司注册地址是公司法律上的住所，而实际经营地址则是公司实际进行业务活动的场所。在一般情况下，公司注册地址与实际经营地址应当保持一致，以确保公司运营的合法性和透明度。然而，也存在一些特殊情况，比如公司可能因业务需要、成本考虑等因素，选择将实际经营地址与注册地址分开。

接下来，我们参考《上海市经营主体住所登记管理办法》的相关规定。该办法主要规范了经营主体住所的登记管理，包括住所的定义、适用范围、经营要求、安全要求等方面。其中，并未直接规定公司注册地址与实际经营地址必须一致，但强调了经营主体在住所从事经营活动时，应当遵守法律、法规、规章的规定，不得扰乱市场经济秩序，不得损害社会公共利益。

再结合您提到的具体情况，即公司注册地址在隔壁但没在那里办公，这本身并不直接构成违法。但是，如果公司因此未能履行其法律义务，比如未按照规定进行住所登记、未保持住所的合法性和安全性、或者因实际经营地址与注册地址不符而导致无法联系到公司等，那么就可能涉及到违法问题。

此外，您还提到了当地管理条例与《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国市场主体登记管理条例》之间的冲突问题。在处理这类冲突时，我们应当遵循上位法优于下位法的原则。即，如果地方管理条例与国家法律、行政法规存在冲突，那么应当以国家法律、行政法规为准。

针对您提到的具体案例，即公司注册地址已更改但合作方关闭，且实际经营地址无法确定的情况，这并不直接说明公司违法。但是，如果公司因此无法履行其法律义务，或者存在无照经营等违法行为，那么相关部门就有权进行调查和处理。

综上所述，公司地址在隔壁但没在那里办公本身并不直接构成违法，但需要确保公司能够履行其法律义务，并遵守相关法律法规的规定。如果公司因此无法履行义务或存在违法行为，那么就可能面临法律责任。同时，在处理地方管理条例与国家法律、行政法规之间的冲突时，应当遵循上位法优于下位法的原则。