结论：学校在实习结束后还要求签三方协议是否合理，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、三方协议的性质与目的
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要解决的是毕业生毕业后到用人单位就业的相关问题，包括档案、户口、保险、公积金等事宜的办理，以及违约责任等。
二、实习结束与三方协议的关系
实习与就业的区别：
- 实习是学生在校期间的一种实践活动，旨在让学生提前接触职场，了解行业，提升实践能力。
- 就业则是学生毕业后正式进入职场，与用人单位建立劳动关系的过程。
实习结束后签三方协议的合理性：
- 如果实习结束后学生并未与用人单位达成就业意向：此时学校要求签三方协议可能并不合理，因为三方协议的主要目的是明确就业相关事宜，而学生并未决定就业，签协议可能并无实际意义。
- 如果实习结束后学生与用人单位达成了就业意向：此时签三方协议是合理的，因为它可以明确双方的权利和义务，保障学生的就业权益，同时也为学校统计就业率等提供依据。
三、学校的角色与责任
学校作为教育机构，有责任为学生提供就业指导和帮助，包括介绍就业政策、提供就业信息、组织招聘会等。然而，学校在要求学生签三方协议时，也应尊重学生的意愿和选择，不得强制或变相强制学生签协议。
四、学生的权益与应对
- 了解协议内容：在签三方协议前，学生应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务，以及违约责任等。
- 与学校沟通：如果学生对签协议有疑问或不满，可以与学校沟通，表达自己的意见和诉求。
- 寻求法律帮助：如果学校强制或变相强制学生签协议，学生可以寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
五、特殊情况考虑
- 如果学校以不签协议就不给毕业证等为由威胁学生：这种行为是违法的，学生可以向教育部门投诉或寻求法律帮助。
- 如果学生对就业单位不满意或想继续深造：学生可以与学校和用人单位沟通，说明情况，争取不签或解除三方协议。
建议：面对学校要求签三方协议的情况，学生应首先了解自己的就业意向和协议内容，然后与学校沟通表达自己的意见和诉求。如果遇到不合理的要求或威胁，可以寻求法律帮助维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。