核心结论：在对方自行修车后，保险公司的赔偿方式主要取决于事故责任划分、保险类型及理赔流程的合规性。以下分情况说明：

1. 若您负全责，且对方已自行修车

• 赔偿前提：对方需提供修车发票、维修清单、定损报告等材料，证明维修费用与事故直接相关且合理。
• 保险公司流程：
  1. 定损环节：若事故发生时未及时报案或定损，保险公司可能要求补充定损或核验维修项目合理性。若对方未通知您或保险公司直接修车，可能影响赔偿比例。
  2. 材料审核：保险公司会审核维修费用是否超出市场合理范围（如4S店与普通修理厂价格差异）。若费用过高，可能要求对方提供补充证明或协商扣减。
  3. 赔偿方式：审核通过后，保险公司将直接向对方支付赔偿款（若对方已垫付），或根据您授权直接支付给修理厂。
• 风险提示：若对方未通过保险公司定损擅自修车，且费用明显高于市场价，保险公司可能拒赔或部分赔付，剩余损失需您与对方协商分担。

2. 若双方均有责任（如主次责任）

• 赔偿原则：按责任比例分担维修费用。例如，您负70%责任，则保险公司仅赔偿对方维修费的70%，剩余30%由对方自行承担（或由其保险公司赔偿您）。
• 操作流程：
  1. 双方需共同向各自保险公司报案，并配合定损。
  2. 对方修车后，需提供完整材料给其保险公司，由对方保险公司根据责任比例向您或您的保险公司追偿。
  3. 若对方未通过其保险公司理赔，而是直接要求您赔偿全部费用，您可要求其通过保险流程处理，或保留证据以防后续纠纷。

3. 关键注意事项

• 报案时效：事故发生后应立即报警并通知保险公司（通常需在48小时内报案），否则可能影响理赔。
• 定损必要性：即使对方急于修车，也应要求其等待保险公司定损或共同确认维修项目，避免后续争议。
• 证据保留：保存事故认定书、现场照片、沟通记录等，以证明责任划分及对方修车的合理性。
• 直接赔付风险：若您直接向对方支付现金而非通过保险公司，需签订书面协议并留存转账记录，否则对方可能事后再次索赔。

4. 特殊情形处理

• 对方拒绝配合定损：若对方未通知您或保险公司直接修车，您可要求其提供维修明细及发票，并申请保险公司介入调查。若费用不合理，可通过诉讼解决。
• 保险公司拒赔：若保险公司以“未定损”“费用过高”等理由拒赔，您可要求其出具书面拒赔通知，并咨询是否需通过投诉或诉讼维权。

建议：若对方已修车但未完成理赔流程，建议立即联系您的保险公司，说明情况并提交相关材料，由保险公司与对方或其保险公司协商处理。如有争议，可依据事故认定书及维修证据通过法律途径解决。