结论：对于有房产证的合法阁楼，其高度问题是否应以原始材料为准，不能一概而论，需结合具体情况和相关法律规定来综合判断。
分析说明：
房产证的法律效力：
- 房产证是房屋所有权的法定证明文件，它记录了房屋的基本信息，包括位置、面积、结构等。一旦房产证颁发，即视为对房屋现状的合法确认。
- 如果阁楼已经合法登记在房产证上，那么其存在和基本属性（如面积）是受到法律保护的。但房产证上通常不会详细记录阁楼的具体高度，因此高度问题可能需要参考其他资料。
原始材料的作用：
- 原始材料，如建筑设计图纸、施工合同等，是房屋建设时的原始记录，它们详细描述了房屋的设计参数和施工要求。
- 在阁楼高度存在争议时，原始材料可以作为重要的参考依据，帮助确定阁楼的实际高度是否符合设计要求或合同约定。
高度问题的判断标准：
- 如果阁楼的高度问题是由于建设过程中的违规操作或设计变更导致的，且这些变更未经过合法程序审批，那么应以原始设计或合同约定的高度为准。
- 如果阁楼的高度问题是由于房屋老化、沉降等自然因素导致的，且这些变化并未影响房屋的整体结构安全和使用功能，那么可能需要根据实际情况进行评估和判断，不一定完全以原始材料为准。
- 另外，如果阁楼的高度问题涉及到相邻权、采光权等民事权益的争议，那么还需要考虑相关法律法规的规定和相邻关系的处理原则。
法律建议：
- 在处理阁楼高度问题时，建议首先查阅房产证和原始材料，了解阁楼的基本信息和设计要求。
- 如果存在争议或疑问，可以咨询专业的建筑设计师或测量机构进行评估和鉴定。
- 如果争议无法通过协商解决，可以考虑通过法律途径解决，如提起民事诉讼或申请仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据相关法律法规和证据材料来综合判断阁楼的高度问题。
后续行动建议：
- 如果您面临阁楼高度问题的争议，建议先收集相关证据材料，如房产证、原始设计图纸、施工合同等。
- 尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见。
- 如果协商无果，可以考虑咨询专业律师或相关机构进行评估和鉴定，并根据评估结果决定是否采取法律行动。
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