农村自建的猪圈因自然灾害恢复重建是否属于违建，需根据具体情况综合判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、不属于违建的情况
符合土地规划和用途：
- 如果猪圈原本就建设在符合规定的农业用地上（如一般耕地），且恢复重建时未改变土地性质和用途，同时不破坏耕地耕作层，进行农业设施建设（含猪圈养殖）通常是被允许的。此时，需确保已按要求办理设施农用地备案等手续，或者恢复重建的手续与原有手续一致且有效。
- 若猪圈建设在自家承包地或宅基地范围内，且恢复重建时未违反地方规定、不影响他人生活，同时遵循了当地的规划和审批流程，那么通常也不属于违建。
履行了必要审批程序：
- 在恢复重建前，如果已向相关部门（如村委会、乡镇政府的农业部门、自然资源部门等）申请，并获得了建设许可和用地批准，且恢复重建过程中严格按照审批的内容和标准进行施工，包括猪圈的位置、面积、建筑结构等均符合审批要求，那么这样的恢复重建是不属于违建的。
二、属于违建的情况
未办理相关审批手续：
- 如果恢复重建的猪圈未经任何部门批准，私自占用土地进行建设，未向村委会报备，也未经过乡镇政府或县级自然资源部门等的审核，擅自选址建设，那么这样的恢复重建是属于违建的。
改变土地性质和用途：
- 如果恢复重建的猪圈建设在了基本农田上，或者改变了原有土地的性质和用途（如将农业用地转为建设用地），那么这样的恢复重建是违反了基本农田保护的相关规定，属于违建。
不符合建设标准和规划：
- 即使获得了一定的建设许可，但如果恢复重建过程中超出了审批的面积、高度等规划指标，或者建筑质量不符合安全标准，对周边环境、公共利益等造成影响，那么这样的恢复重建也是属于违建的。
- 另外，如果猪圈恢复重建后距离居民住宅过近，影响居民正常生活且不符合环保等相关规划要求，那么也可能被认定为违建。
三、综合考虑因素及建议
- 地方政策和规划要求：不同地区可能有不同的政策和规划要求，对农村自建建筑物的限制也可能有所不同。因此，在恢复重建猪圈之前，应了解当地的政策和规划要求，确保建设行为符合相关规定。
- 及时补办手续：如果因自然灾害导致猪圈损毁需要恢复重建，但尚未办理相关审批手续的，应尽快向相关部门申请补办手续，以避免不必要的法律风险。
- 咨询与沟通：在恢复重建过程中，如果遇到任何疑问或困难，建议及时与当地相关部门或专业人士进行沟通咨询，以确保恢复重建行为的合法性和合规性。
总结来说，农村自建的猪圈因自然灾害恢复重建是否属于违建，需根据土地性质、用途、规划要求及审批手续等多个因素进行综合判断。在进行恢复重建时，务必谨慎并遵守相关法律法规及政策要求，确保建设行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。