在二审程序中，确实可以提出主体不适格的问题。这个问题涉及到诉讼主体资格，是民事诉讼中的一个重要方面。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

一、诉讼主体资格的基本概念

诉讼主体资格，指的是在民事诉讼中，能够作为原告或被告参与诉讼，享有诉讼权利并承担诉讼义务的资格。对于原告来说，必须是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织；对于被告来说，则必须是侵犯原告民事权益或与原告发生民事权益争议的被请求对象。

二、二审中提出主体不适格的法律依据

在二审程序中提出主体不适格，主要依据的是《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。虽然该法并未直接规定二审中可以提出主体不适格，但根据诉讼原理和法律规定，如果在一审中未对主体资格提出异议，而在二审中发现主体不适格，这仍然是一个重要的法律问题，需要二审法院进行审查。

三、二审中提出主体不适格的处理方式

1. 如果主体不适格问题影响案件实体审理：

   • 二审法院在审查后，如果认为主体确实不适格，且这一不适格影响了案件的实体审理，那么二审法院可能会裁定撤销原判，驳回起诉。这是因为，如果主体不适格，那么整个诉讼的基础就不存在，法院无法对案件进行实体审理。

2. 如果主体不适格问题不影响案件实体审理，但属于程序瑕疵：

   • 在某些情况下，主体不适格可能并不直接影响案件的实体审理，但属于程序上的瑕疵。此时，二审法院可能会根据具体情况，选择维持原判或进行其他适当的处理。然而，这种情况相对较少，因为主体不适格通常是一个较为严重的程序问题。

3. 二审法院的释明义务：

   • 在二审中，如果法院发现主体可能不适格，有义务向原告或被告进行释明，告知其可能存在的法律风险，并询问其是否愿意更换适格的主体或进行其他处理。这是为了保障当事人的诉讼权利，确保诉讼的公正性和效率性。

四、实际案例参考

以您提供的案例为例，在河南省商丘市中级人民法院(2013)商三民终字第820号案件中，二审法院经过审理认为被告林某主体不适格，因为林某作为工地收料员的行为应视为完成工程承包方的指令行为，原告应向工程承包方主张清偿货款的义务。最终，二审法院维持了一审判决，驳回了原告的诉讼请求。这个案例就体现了二审法院对主体不适格问题的审查和处理。

五、建议

• 在一审中就应仔细审查主体资格：为了避免在二审中出现主体不适格的问题，当事人在一审起诉或应诉时，就应仔细审查对方当事人的主体资格，确保诉讼的合法性和有效性。
• 及时咨询专业律师：如果当事人对主体资格问题存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。

综上所述，二审中确实可以提出主体不适格的问题，并且二审法院会根据具体情况进行审查和处理。当事人在诉讼过程中应密切关注主体资格问题，确保诉讼的顺利进行。