结论前置：对于没有签订入职合同（即劳动合同）的员工，在离职时是否签署离职协议，需根据双方是否存在事实劳动关系及具体情况综合考虑。若存在事实劳动关系，签署离职协议通常是有益的；若不存在事实劳动关系或协议内容违法违规，则应谨慎签署甚至不签署。
一、存在事实劳动关系的情况
明确权利义务：
- 即便没有书面劳动合同，只要双方存在事实劳动关系，离职协议就能帮助明确双方在离职过程中的权利和义务。比如，协议可以规定员工需在何时完成工作交接，用人单位需在何时支付工资、经济补偿等。
- 例子：假设员工A在某公司工作了6个月，但未签订劳动合同。离职时，双方签署离职协议，明确A需在离职前一周完成所有工作交接，公司则需在交接完成后3个工作日内支付A最后一个月的工资及半个月的经济补偿。
避免纠纷：
- 书面离职协议能减少因口头承诺或模糊条款而产生的争议。它详细记录了离职的各项安排，如加班费用、未休年假的补偿等，从而避免后续的法律纠纷。
- 例子：员工B离职时，与用人单位口头约定了未休年假的补偿金额。但离职后，用人单位反悔，拒绝支付。如果当时有书面离职协议明确约定，B就能依据协议维护自己的权益。
保障权益：
- 离职协议是劳动者经济权益的重要保障。它确保劳动者能顺利获得应得的离职待遇，如经济补偿、未发放的工资、奖金等。
- 例子：员工C因公司裁员而离职，双方签署离职协议，明确公司需支付C相当于一个月工资的经济补偿。这样，C就能依据协议确保自己获得应有的补偿。
二、不存在事实劳动关系的情况
如果劳动者与用人单位之间不存在事实劳动关系，而是短期的临时性劳务关系等，双方可根据实际情况协商决定是否签署离职协议。若已结清所有费用且无其他争议事项，不签署离职协议也是可行的。
三、签署离职协议时需谨慎考虑的因素
双方意愿：
- 离职协议应当是双方协商一致的结果。任何一方都不能强迫对方签署，否则协议可能无效，并可能引发法律纠纷。
法律规定：
- 离职协议的内容必须符合国家法律法规和劳动法规的规定。不能包含违反法律法规的条款，如未经员工同意的竞业限制条款等。
协议条款的清晰度：
- 协议中的条款应表述清晰、无歧义。避免使用模糊不清的表述，以免后续出现误解和纠纷。
实际情况：
- 根据双方的实际合作情况和离职原因，判断是否需要签署离职协议以及协议的具体内容。例如，若双方合作愉快且无任何争议，可考虑简化协议内容或甚至不签署协议。
四、建议
对于劳动者：
- 在离职前，应明确自己与用人单位之间是否存在事实劳动关系，并收集相关证据以证明自己的工作年限、工作内容及薪酬等基本情况。
- 若存在事实劳动关系，建议积极与用人单位协商签署离职协议，以明确权利义务并保障自身权益。
对于用人单位：
- 应规范用工管理，及时与劳动者签订书面劳动合同，以避免因未签订劳动合同而引发的法律风险。
- 在劳动者离职时，若双方存在事实劳动关系，也建议主动提出签署离职协议，以明确双方的权利义务关系并避免不必要的纠纷。
作为刘天律师，我建议你在离职时，根据自己的实际情况和与用人单位的协商结果，谨慎决定是否签署离职协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。