职务犯罪涉案财物在法院拍卖时出现贬值，可通过以下方式处理：

1. 审查拍卖程序合法性
   若拍卖程序存在违法情形（如评估机构资质瑕疵、评估方法错误、未依法通知利害关系人等），可依据《最高人民法院关于刑事裁判涉财产部分执行的若干规定》第十四条，向执行法院提出书面异议，要求撤销拍卖结果并重新评估、拍卖。例如，评估报告未采用市场比较法导致价值低估，即属于程序违法范畴。

2. 主张拍卖保留价设置不当
   根据《最高人民法院关于人民法院网络司法拍卖若干问题的规定》第十条，拍卖保留价应由参考价确定，且首次拍卖保留价不得低于评估价或市价的70%。若保留价设置过低（如低于评估价50%），可主张拍卖行为违反法定标准，要求补足差价或重新拍卖。需注意，保留价设置需结合市场波动周期，若因市场急剧下行导致贬值，可能难以归责于执行程序。

3. 申请国家赔偿（特定情形）
   若拍卖贬值系因法院故意或重大过失导致（如违法查封、超标的查封、未及时处置导致财物损毁等），可依据《国家赔偿法》第三十六条第五项，以“财产已经拍卖或者变卖的，给付拍卖或者变卖所得的价款；价款明显低于财产价值的，应当支付相应的赔偿金”为由，向作出错误执行行为的法院申请国家赔偿。需提供评估报告、拍卖成交记录等证据证明价值差额。

4. 通过刑事追缴程序救济
   若涉案财物系违法所得，根据《刑法》第六十四条，应由原机关继续追缴或责令退赔。若拍卖价款不足以覆盖犯罪所得，可要求法院在执行程序中协调补充追缴，或通过刑事附带民事诉讼主张权利。例如，贪污案件中，若拍卖房产价款低于实际贪污数额，可要求被告人以其他财产补足差额。

实务建议：

• 及时委托专业评估机构出具独立评估报告，作为异议或赔偿申请的证据基础；
  
• 关注拍卖公告期限、竞买人资格限制等程序细节，避免因程序瑕疵丧失救济机会；
  
• 若涉及跨境资产或特殊财产（如股权、知识产权），需结合《联合国反腐败公约》等国际规则主张权利。
  

如有具体案情或证据材料，可进一步提供细节以便针对性分析。