当法院拍卖的款项涉及刑事案件时，处理流程会相对复杂，并需要遵循一定的法律程序。以下是对此问题的详细解答：
首先，要明确拍卖标的物的性质。如果拍卖的标的物是刑事案件中的赃物或者由涉案资金购买，那么拍卖行动必须立即暂停。这是为了确保刑事审判过程的完整性和公正性，避免在刑事案件未决之前对涉案财物进行处置。
接下来，法院会依据相关法律规定，对涉及刑事案件的拍卖款项进行处理。具体来说：
暂停拍卖程序：一旦确定拍卖标的物与刑事案件有关，法院会立即暂停拍卖程序，直至刑事审判过程结束。这是为了保障刑事案件的顺利审理，以及确保拍卖款项的合法性和公正性。
移交犯罪线索：如果在审理过程中发现涉嫌犯罪行为，并且这些行为与民事纠纷案件密切相关，或者直接影响了案件的性质、法律效力以及责任承担等关键要素，法院会根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，裁定暂时终止审理，并将相关犯罪线索移交给公安部门或检察机构进行处理。
等待刑事审判结果：在刑事审判程序完成之前，拍卖款项的处理会处于暂停状态。法院会等待刑事审判的结果，以便根据判决结果来决定是否继续拍卖以及如何处理拍卖款项。
依法处理拍卖款项：一旦刑事审判程序完成，法院会根据判决结果来依法处理拍卖款项。如果拍卖款项被认定为违法所得或涉案资金，法院会依据《刑法》的相关规定进行追缴或责令退赔。对于被害人的合法财产，法院会及时返还；对于违禁品和供犯罪所用的本人财物，法院会予以没收，并上缴国库。
综上所述，当法院拍卖的款项涉及刑事案件时，处理流程会涉及多个法律程序和环节。法院会依法暂停拍卖程序、移交犯罪线索、等待刑事审判结果，并根据判决结果来依法处理拍卖款项。在整个过程中，法院会确保处理的合法性和公正性，以维护法律的权威和尊严。