政府企业合作发生纠纷，其性质是否属于民事纠纷，需根据具体情况来判断，但通常情况下，政府与企业之间的合作纠纷多属于民事纠纷范畴。以下从不同角度进行分析：
合同关系角度：
- 政府与企业之间的合作，往往基于双方签订的合同或协议。这些合同或协议明确了双方的权利和义务，是双方合作的基础。
- 当合同或协议的履行出现争议时，如合同违约、合同解释、合同效力等问题，这些纠纷通常属于民事纠纷。因为合同是民事法律关系的一种，合同纠纷的解决主要依据《中华人民共和国民法典》等相关民事法律。
主体平等角度：
- 在政府与企业合作中，尽管政府具有行政管理的职能，但在合作合同关系中，政府与企业是平等的民事主体。
- 双方基于自愿、平等、公平的原则签订合同，并受合同的约束。因此，因合同产生的纠纷，应视为民事纠纷，适用民事法律程序进行解决。
特殊情形下的行政纠纷：
- 当然，也存在一些特殊情况。如果政府在合作过程中行使了行政权力，如行政许可、行政处罚等，且这些行为引发了争议，那么这些纠纷可能属于行政纠纷。
- 行政纠纷的解决主要依据《中华人民共和国行政诉讼法》等相关行政法律，与民事纠纷的解决程序有所不同。
纠纷解决方式角度：
- 对于政府与企业之间的合作纠纷，如果属于民事纠纷，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
- 如果属于行政纠纷，则通常需要通过行政复议或行政诉讼等途径解决。
建议：
- 在政府与企业合作过程中，双方应明确合同条款，确保合同内容合法、有效，以减少纠纷的发生。
- 一旦发生纠纷，双方应首先尝试通过协商或调解等方式解决，以节约成本和时间。
- 如果协商或调解无果，双方可以根据纠纷的性质选择适当的解决方式，如仲裁或诉讼（民事纠纷）或行政复议或行政诉讼（行政纠纷）。
法律后果：
- 如果纠纷被认定为民事纠纷，且双方无法通过协商或调解解决，那么可能面临诉讼或仲裁程序，需要承担相应的诉讼费用或仲裁费用，并可能面临判决或裁决的执行问题。
- 如果纠纷被认定为行政纠纷，且政府行为被确认违法或不当，那么政府可能需要承担行政责任，如撤销或变更行政行为、赔偿损失等。
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