股份公司变更法人（法定代表人）的股东同意比例，主要取决于公司章程的规定以及变更事项是否涉及公司章程的修改。在大多数情况下，若公司章程无特别约定，则需遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一、公司章程的优先性
公司章程的约定：
- 公司章程是公司内部治理的基本文件，可以就公司重大事项的表决规则作出具体约定。如果公司章程明确规定了变更法定代表人需要特定比例的股东同意（如三分之二以上表决权的股东通过），那么必须严格按照这一规定执行。
无特别约定的情况：
- 如果公司章程没有特别约定，或者约定不明确，那么通常情况下，变更法定代表人应遵循《中华人民共和国公司法》的一般规定。
二、《中华人民共和国公司法》的相关规定
一般决议程序：
- 对于股份有限公司的一般事项变更，如调整日常经营策略、管理结构等（不涉及公司章程必要事项的修改），通常需要出席股东大会的股东所持表决权过半数通过。然而，变更法定代表人往往涉及对公司章程相关条款的修改，因此这一程序可能不适用。
特别决议程序：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，对于修改公司章程、增加或减少注册资本、公司合并、分立、解散或变更公司形式等重大决策，必须由出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。由于变更法定代表人往往涉及对公司章程的修改（如法定代表人姓名的变更），因此这一程序通常适用。
三、实际操作中的注意事项
会议召开的合法性：
- 在变更法定代表人的过程中，必须确保股东大会的召开是合法的，包括会议的通知、召集、主持等程序都应符合公司章程和《中华人民共和国公司法》的规定。
表决过程的公正性：
- 表决过程应公正、透明，确保所有股东都能充分表达自己的意见，并且表决结果能够真实反映股东的意愿。
决议内容的合规性：
- 变更法定代表人的决议内容应符合法律法规和公司章程的规定，不得违反公序良俗或损害公司、股东的利益。
后续手续的办理：
- 变更法定代表人还需要按照相关法律法规的要求办理一系列手续，包括向相关政府部门提交申请、办理工商变更登记等，以确保变更的合法性和有效性。
四、实例说明
假设某股份有限公司股东大会中，讨论更换法定代表人且出席会议的股东共持1亿股。若公司章程未对更换法定代表人作出特别规定，则按照《中华人民共和国公司法》的特别决议程序，需要三分之二以上出席会议股东所持表决权通过，即至少需要6667万股（三分之二乘以1亿股）赞成更换的决议才能通过。
总结与建议：
股份公司变更法人（法定代表人）的股东同意比例，首先应查看公司章程是否有特别规定。若公司章程有特别约定，应优先遵循章程规定；若无特别约定，则通常需要出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。在实际操作中，建议公司在制定或修订公司章程时明确约定变更法定代表人的表决规则，以避免因表决比例问题导致的决策僵局或法律风险。同时，在变更过程中应确保所有步骤都符合法律法规的要求，以保障变更的顺利进行和公司的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。