结论：仅从发票上开的是“咨询费”而非“代理费”这一点，不能直接判定对方违法，但可能存在不规范操作或税务、财务处理不当等问题，具体是否违法需结合多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

从合同约定角度

如果双方签订的合同中明确约定了费用性质为代理费，而对方在开具发票时却写成咨询费，这属于合同履行过程中的不规范行为。虽然不一定直接构成违法，但可能违反了合同约定。在这种情况下，你有权要求对方按照合同约定重新开具正确的发票。如果对方拒绝，你可以依据合同中的违约条款，要求对方承担相应的违约责任，比如赔偿你因此遭受的损失等。

从税务合规角度

发票的开具应当与实际业务相符。如果实际业务是代理服务，却开具咨询费发票，可能存在税务风险。对于开票方来说，这可能涉及到虚开发票的问题。根据《中华人民共和国发票管理办法》规定，任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。如果被税务机关认定为虚开发票，开票方可能会面临罚款等行政处罚。对于受票方来说，如果取得的发票与实际业务不符，可能无法正常进行税务抵扣等操作，影响自身的税务合规。

从财务处理角度

在企业的财务处理中，费用的准确分类和核算非常重要。如果发票上的费用性质与实际不符，会导致企业的财务报表不能真实反映企业的经营状况和财务成果。这可能会影响企业的决策制定，也可能在接受审计时出现问题。例如，如果企业将代理费错误地计入咨询费，可能会导致成本费用的核算不准确，进而影响利润的计算和税务申报。

建议措施

1. 与对方沟通：首先，你可以与对方进行友好沟通，说明发票开具错误的情况，要求对方重新开具正确的发票。在沟通时，注意保留好相关的沟通记录，如邮件、聊天记录等。
2. 审查合同：仔细审查双方签订的合同，明确合同中关于费用性质、发票开具等条款的约定，以便在后续处理中有明确的依据。
3. 咨询税务机关：如果你对税务方面的规定不太清楚，可以向当地的税务机关咨询，了解这种情况是否涉及税务违法以及如何进行处理。
4. 寻求法律帮助：如果与对方沟通无果，或者你认为对方的行为已经给你造成了较大的损失，你可以进一步向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议和解决方案。