公司以购买不合格材料为由扣员工工资，这一行为是否合法需分情况讨论，核心在于判断员工是否存在过错以及公司扣款程序是否合法，具体分析如下：
若员工对购买不合格材料无过错
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
若员工在采购过程中已尽到合理审查义务（如查验供应商资质、要求提供合格证明等），且无证据证明其存在故意或重大过失，公司无权扣减工资。此时公司行为涉嫌违法，员工可通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁要求补发工资。
若员工对购买不合格材料存在过错
- 扣款比例限制：即使员工存在过错，公司仍需遵守上述“每月扣款≤20%工资”及“剩余工资≥最低工资标准”的强制性规定。
- 程序合法性要求：公司需举证证明员工存在过错（如采购合同中明确约定材料标准、员工未履行检验义务等），且扣款需经民主程序制定的规章制度（如员工手册）明确规定，并已向员工公示或告知。
- 例外情形：若员工行为构成严重失职或营私舞弊，给公司造成重大损害（如导致生产事故、客户索赔等），公司可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，但仍需通过合法程序主张赔偿，而非直接扣减工资。
建议行动方案：
员工角度：
- 核查公司扣款依据（如规章制度、劳动合同条款）是否合法有效；
- 收集证据证明自身无过错（如采购流程记录、合格证明文件等）；
- 向公司提出书面异议，要求说明扣款理由及计算方式；
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
公司角度：
- 完善采购流程，明确员工职责及过错认定标准；
- 制定合法合规的赔偿制度，并通过民主程序公示；
- 扣款前与员工协商，保留书面同意记录；
- 优先通过民事诉讼主张赔偿，而非直接扣减工资。
风险提示：公司若违法扣减工资，除需补发工资外，还可能面临支付赔偿金、被劳动行政部门处罚等法律后果。建议双方优先通过协商或调解解决争议，以降低法律风险。