针对您提出的问题，即父亲通过公证方式赠与子女房屋，但该房屋系小产权房屋无法办理过户登记，如何通过诉讼解决，以下是我为您提供的详细解答：
一、理解小产权房屋的性质
小产权房屋通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，因此也被称为“乡产权房”。由于小产权房屋的特殊性，其无法像普通商品房一样进行正规的过户登记。
二、公证赠与的法律效力
虽然小产权房屋无法办理过户登记，但父亲通过公证方式赠与子女的行为，在法律上仍然具有一定的效力。公证赠与可以视为双方对房屋赠与事宜的确认，并具有一定的证明力。然而，由于无法过户，这种赠与在物权变动上存在瑕疵。
三、通过诉讼确认赠与效力
提起诉讼：子女可以作为原告，向法院提起诉讼，请求确认父亲赠与房屋的行为有效，并要求父亲（或其继承人，如果父亲已去世）履行赠与合同中的义务，即协助办理过户手续（尽管实际上可能无法办理）。
诉讼目的：诉讼的主要目的并非直接实现过户，因为小产权房屋无法过户。而是通过法院的判决，确认赠与行为的法律效力，以及子女对房屋的合法权益。这样，在房屋面临拆迁、征收等情况下，子女可以依据法院的判决主张相应的权益。
证据准备：在诉讼过程中，需要准备充分的证据来证明赠与行为的存在和合法性，包括公证赠与合同、父亲生前的意愿表示、相关证人证言等。
四、诉讼后的处理
判决执行：如果法院判决确认赠与行为有效，但由于房屋性质无法过户，判决可能主要体现为确认子女的合法权益，而非直接强制过户。
后续权益主张：在房屋面临拆迁、征收等情况下，子女可以依据法院的判决与相关部门协商补偿事宜，确保自己的合法权益得到保障。
风险提示：需要明确的是，由于小产权房屋的特殊性，即使通过诉讼确认了赠与行为的法律效力，子女在房屋上的权益仍然可能受到一定限制。例如，在房屋转让、抵押等方面可能存在法律障碍。
五、建议与提醒
提前规划：如果可能的话，建议在父亲生前就通过合法途径（如购买、继承等）将房屋性质转变为可过户的商品房，以避免后续纠纷。
家庭协商：在诉讼前，可以尝试与家庭成员进行协商，看是否能够达成一致意见，共同处理房屋事宜。
法律咨询：在诉讼过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，虽然小产权房屋无法办理过户登记，但子女仍然可以通过诉讼来确认赠与行为的法律效力，并在后续权益主张中依据法院的判决来维护自己的合法权益。