结论：自然人独自的企业（通常指自然人独资企业或一人有限责任公司）能否连股东一起起诉，取决于具体情境和法律关系。一般来说，自然人独资企业的所有者（股东）在特定情况下可以起诉法定代表人，但自然人独资有限责任公司作为独立法人，不能直接“起诉法人”（这里可能指的是公司本身或其法定代表人以外的其他主体），而是通过内部治理机制或法定程序来追究相关责任人的责任。以下是对此问题的详细分析：
一、自然人独资企业起诉法定代表人的情况
法律实体与责任：
- 自然人独资企业与其所有者（股东）是两个不同的法律实体。所有者对企业债务承担无限责任（在非公司制独资企业中），而企业（若为公司制）则拥有独立的法人财产权。
- 当法定代表人执行职务造成企业损害时，首先由企业法人承担责任，之后企业可向有过错的法定代表人追偿。
起诉的法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，如果董事或高级管理人员（包括法定代表人）违反法律、行政法规或公司章程，损害了股东（即所有者）或企业的利益，股东或企业有权向人民法院提起诉讼。
常见起诉情形：
- 法定代表人侵害企业权益，如挪用资金、侵占资产等。
- 法定代表人代表企业对外签订合同后违反约定，导致企业受损。
二、自然人独资有限责任公司不能直接“起诉法人”的原因及替代方案
公司法人的独立性：
- 公司法人是一个独立的法律实体，拥有独立的财产权和责任能力。
- 自然人独资有限责任公司的股东，虽然对公司享有股权，但不能直接以个人名义对公司法人（即公司本身）提起诉讼，除非涉及股东自身权益受损且符合特定条件。
诉讼主体资格：
- 只有公司法人自身或其他具有合法诉讼主体资格的主体（如股东在特定条件下代表公司提起诉讼，即股东代表诉讼）才能对公司法人或其相关责任人提起诉讼。
纠纷解决途径：
- 股东若认为公司法人的行为（如法定代表人的行为）损害了公司或其自身合法权益，应首先通过公司内部治理机制（如股东会、董事会）进行解决。
- 在符合法定条件的情况下，股东可依据《中华人民共和国公司法》的相关规定，如股东代表诉讼制度，向人民法院提起诉讼，要求相关责任人承担赔偿责任。
三、实际操作中的建议
收集证据：
- 在考虑起诉前，应充分收集证据，证明法定代表人存在违法行为以及企业因此受到的损失。这包括但不限于公司财务报表、银行流水、合同协议、证人证言等。
咨询专业意见：
- 由于法律事务的复杂性和专业性，建议在起诉前咨询专业律师（即向我咨询）的意见，以确保诉讼策略的合理性和有效性。
遵循法定程序：
- 无论选择哪种途径解决纠纷，都应遵循法定程序，确保诉讼或仲裁的合法性和有效性。
总结：自然人独自的企业能否连股东一起起诉，取决于具体情境和法律关系。在大多数情况下，自然人独资企业的所有者可以起诉法定代表人以维护企业利益，但不能直接“起诉法人”（公司本身）。若股东认为公司或其法定代表人的行为损害了其合法权益，应通过公司内部治理机制或法定程序来追究相关责任人的责任。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。