针对您提出的“租赁合同没按合同总金额交印花税怎么补”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、确认应税事实
首先，您需要确认租赁合同是否属于应税范畴。根据《中华人民共和国印花税法》，财产租赁合同（包括房屋、土地、设备等租赁）是需要缴纳印花税的。同时，请核实合同签订日期，确保它处于现行税法实施日（2018年5月1日）之后，以确定应税义务。
接下来，计算应纳税额：
- 税率标准：印花税按租赁金额的千分之一贴花；如果税额不足一元，则按一元贴花。
- 计税依据：如果合同中明确约定了租金总额，那么直接按这个总额来计算印花税；如果合同中没有明确约定，您可以参照同类合同或市场公允价格来估算。
二、补缴税款流程
主动申报补缴：
- 您需要前往当地税务机关或者通过电子税务局提交《印花税纳税申报表》。
- 在提交申报表时，请务必附上租赁合同的复印件以及租金支付凭证等材料，作为计税的依据。
缴纳滞纳金与罚款：
- 滞纳金：从税款所属期的次月起至实际缴纳日止，每天需要加收万分之五的滞纳金。
- 罚款：税务机关可能会根据您的具体情况，处以少缴税款50%以上5倍以下的罚款。具体金额将由税务机关根据实际情况进行裁量。
三、特殊情况处理
如果合同已经履行完毕但尚未申报：
- 即使合同已经终止，您仍然需要补缴印花税以及相应的滞纳金。为了避免更高额的罚款，建议您尽快完成申报。
如果无法获取完整的合同信息：
- 您可以通过银行流水、发票记录等辅助材料来证明租赁交易的真实性。
- 然后，与税务机关进行协商，确定一个合理的计税方式。
四、合规建议
为了避免未来再次出现类似问题，我建议您：
- 建立税务管理制度：设立专人负责合同的审核与税务申报工作，确保新签订的合同能够及时贴花。
- 利用信息化工具：通过电子台账来管理合同的生命周期，设置印花税申报的提醒机制，以免遗漏。
- 开展自查整改：定期梳理历史合同，对遗漏的事项进行补报，以降低潜在的风险。
五、法律依据
- 《中华人民共和国印花税法》第一条、第五条
- 《税收征收管理法》第三十二条、第六十四条
希望以上解答能够帮助您解决问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。