您好，如果您已经交过罚款，但对非现场交通违法认定仍有异议，您仍然是有权利进行申诉的。具体申诉流程如下：

首先，您需要通过“交管12123”APP来提出交通违法消除申请。在使用这个APP之前，请确保您的机动车和驾驶证已经在APP上进行了备案。

接下来，在APP中找到“交通违法消除申请”的功能入口，点击进入后，您需要选择申诉的原因。这里有一些常见的可以提出消除申请的情形，供您参考：

1. 如果您的机动车在被盗抢期间发生了交通违法；
2. 如果有证据证明您的交通违法是因为救助危难或者紧急避险造成的；
3. 如果您的交通违法已经被交通警察现场处理过；
4. 如果是因为交通信号指示不一致导致的交通违法；
5. 如果记录中的机动车类型、号牌、外观等特征，以及违法时间、地点、事实存在不清楚或不准确的情况；
6. 如果记录的机动车号牌信息有误；
7. 如果您的车辆号牌被他人伪造、变造或者非法使用。

在选择好申诉原因后，您需要详细填写具体的申诉原因，并上传相关的证据照片来支持您的申诉。完成这些步骤后，点击“提交”按钮，您的申诉就会被发送到违法地的交管部门进行审核。

在提交申诉后，您还可以在APP中查看申诉的审核进度，以便及时了解申诉的处理情况。

总的来说，即使您已经交过罚款，只要您对非现场交通违法认定有异议，并且符合上述可以提出消除申请的情形，您都可以通过“交管12123”APP进行申诉。希望这个解答能够帮助到您，如果您还有其他问题，欢迎随时咨询。