结论：已经扣分并缴纳罚款后，仍可提出申诉，但需注意申诉时效和证据保留。以下是具体分析：

1. 申诉的法律依据与权利
   根据《行政复议法》和《行政处罚法》，当事人对行政机关作出的行政处罚（如交通违章扣分、罚款）有异议的，可在知道该行政行为之日起60日内申请行政复议，或在6个月内直接向法院提起行政诉讼。即使已缴纳罚款或扣分，只要未超过上述时效，仍可主张权利。

2. 申诉的常见情形

   • 证据不足或程序违法：如执法记录仪未拍摄到违章行为、未依法告知权利等。
     
   • 事实认定错误：如车辆被套牌导致误罚、现场情况与处罚决定不符（如信号灯故障）。
     
   • 法律适用错误：如处罚依据的法规已修订或废止。
     
   • 特殊情况：如因紧急避险、救助危难等法定事由导致违章。

3. 申诉流程与注意事项

   • 步骤：
     
     1. 收集证据（如行车记录仪视频、现场照片、证人证言）；
        
     2. 向作出处罚的交警部门提交书面申诉材料（需说明理由和依据）；
        
     3. 若复议未果，可向法院起诉。
        
   • 关键点：
     
     • 申诉期间，原处罚一般不停止执行（除非申请暂缓执行并获批准）；
       
     • 若申诉成功，已缴纳的罚款可退还，扣分可能撤销或调整；
       
     • 逾期申诉可能被驳回，需严格把握时效。

4. 实践建议

   • 尽快行动：时效是关键，拖延可能导致丧失权利；
     
   • 专业协助：若对法律程序或证据收集不熟悉，可委托律师介入；
     
   • 保留凭证：妥善保管罚款收据、处罚决定书等文件。

示例：若您因“闯红灯”被扣6分并罚款200元，但事后发现是信号灯故障导致误判，可在60日内申请复议，提交现场照片或监控录像作为证据。若复议机关认定处罚不当，将撤销原决定并退还罚款。

如有具体案件细节或需要进一步指导，可直接向我说明情况，我会为您分析申诉可行性及策略。