您好，关于“全科医学中医类资格证书是否合法”的问题，这主要取决于该证书的获取途径和具体类型。在中医领域，合法行医的资格证书通常是通过正规考核和注册程序获得的。
首先，我要明确的是，通过正规中医医术确有专长人员医师资格考核获得的《中医（专长）医师资格证书》是合法的。这一考核是根据《中医药法》以及《中医医术确有专长人员医师资格考核注册管理暂行办法》等相关法律法规设立的，旨在为那些通过师承方式学习中医或者经多年实践、医术确有专长的人员提供一条合法行医的途径。
具体来说，如果您是通过以下方式获得的中医类资格证书，那么它是合法的：
师承方式学习中医：如果您跟随至少两名中医医师学习，并经过一定年限的学习和实践，医术得到认可，可以通过省级中医药主管部门组织的考核获得《中医（专长）医师资格证书》。
多年实践且医术确有专长：如果您没有正规中医学历，但长期从事中医实践，并形成了独特的医术，同样可以通过上述考核获得合法行医资格。
获得《中医（专长）医师资格证书》后，您还需要按照当地卫生行政部门的规定完成注册手续，之后就可以在注册的执业范围内以个人开业的方式或者在医疗机构内从事中医医疗活动了。
然而，如果您是通过非正规途径获得的所谓“全科医学中医类资格证书”，或者该证书没有经过正规考核和注册程序，那么它可能是不合法的。非法行医不仅可能面临法律制裁，还会对患者的健康造成潜在威胁。
因此，我建议您在获取任何中医类资格证书时，都要确保其合法性和正规性。如果您对中医行医资格有进一步的疑问或需要了解具体的考核和注册流程，欢迎随时向我咨询。我会为您提供清晰、详细、有深度的解答。