在离婚诉讼中，如果一方不同意查流水，法院会根据具体情况采取不同的处理方式，具体如下：

1. 法院有权依职权或依申请调查取证
   根据《民事诉讼法》第六十七条，法院认为审理案件需要的证据（如涉及夫妻共同财产分割的银行流水），可以主动调查收集。同时，根据《民法典》及相关司法解释，离婚诉讼中若一方隐藏、转移财产，法院可依另一方申请调查取证。因此，即使一方不同意，法院仍可能通过向银行发出协助调查通知书等方式，直接调取流水记录。

2. 若法院认为流水与案件无关，可能不予调取
   法院调取证据需遵循“必要性”原则。若申请方无法证明流水与夫妻共同财产、债务或一方转移财产等核心争议有关（例如仅要求调取与日常生活无关的大额转账记录），法院可能以“证据与案件无关”为由拒绝调取。此时，不同意查流水的一方无需配合，法院也不会强制调取。

3. 若一方拒绝配合且存在转移财产嫌疑，法院可能推定不利事实
   根据《民法典》第一千零九十二条，若一方隐藏、转移夫妻共同财产，法院可对其少分或不分财产。若申请方能提供初步证据（如对方突然大额取现、频繁转账至他人账户等），而对方拒绝配合查流水，法院可能推定其存在转移财产行为，并在分割财产时对其不利。

给你的建议：

• 若你是申请调取流水的一方，需提前收集对方可能转移财产的线索（如异常消费记录、关联账户信息等），并向法院说明调取流水的必要性；
  
• 若你是被申请调取流水的一方，可主张流水与案件无关（如涉及个人隐私、第三方财产等），但需提供合理理由，否则可能承担不利后果。
  

如有具体案件细节（如流水金额、转账对象等），可进一步向我说明，我会帮你分析法院可能的处理方向。