结论：合同中约定退股后又签了退股协议，该退股协议在符合法律规定且不存在无效情形时，通常是有效的。不过，其有效性会受到多种因素的影响，下面我将从不同角度为你详细分析。

协议有效的基本条件

1. 主体适格
   • 签订退股协议的双方应当具有相应的民事行为能力。例如，如果是自然人股东，应当是完全民事行为能力人，能够独立进行民事活动并承担民事责任；如果是法人股东，应当是依法成立并具有独立法人资格的企业，其法定代表人或授权代表有权代表法人签订协议。
   • 举例：若一位未成年股东签订退股协议，由于其属于限制民事行为能力人，该协议可能因主体不适格而无效，除非得到其法定代理人的追认。
2. 意思表示真实
   • 双方签订退股协议应当是出于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果一方以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。
   • 举例：甲为了迫使乙低价退股，威胁乙如果不按照其要求退股，就会采取不正当手段破坏乙的名誉和生意，乙在甲的胁迫下签订了退股协议，此时乙可以主张该协议因受胁迫而无效。
3. 内容合法
   • 退股协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。例如，协议中约定的退股方式、价格等应当符合公司法和相关法律法规的规定，不能损害公司、其他股东以及债权人的利益。
   • 举例：如果退股协议中约定股东可以无偿退股，且不承担任何责任，这种约定可能会损害公司债权人的利益，因为股东退股后公司的责任财产减少，债权人的债权可能无法得到充分保障，该约定可能因违法而无效。

合同中原有退股约定与新退股协议的关系

1. 新协议对原约定的变更
   • 如果合同中已经约定了退股的相关事项，后来双方又签订了退股协议，且退股协议的内容与原合同约定不一致，一般情况下，新签订的退股协议可以视为对原合同中退股约定的变更。只要新协议符合上述有效条件，就应当以新协议为准。
   • 举例：原合同中约定股东退股时，公司按照股东的出资额原价回购股份；后来双方签订退股协议，约定公司按照股东出资额的一定倍数回购股份，此时应以新的退股协议为准。
2. 新协议对原约定的补充
   • 新签订的退股协议也可能是对原合同中退股约定的补充。如果原合同对退股的某些事项约定不明确，新协议对这些事项进行了明确约定，那么新协议的约定与原合同约定相互补充，共同构成完整的退股条款。
   • 举例：原合同中只约定了股东可以退股，但没有约定退股的具体程序和时间，后来双方签订退股协议，明确了退股的程序为提前一个月书面通知公司，并在通知后的一个月内办理退股手续，此时新协议的约定是对原合同的补充。

可能影响协议有效性的特殊情况

1. 公司章程的限制
   • 公司的章程可能对股东退股有特殊规定，如果退股协议的内容违反了公司章程的规定，可能会影响协议的效力。不过，公司章程的规定不得违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 举例：公司章程规定股东退股必须经过全体股东三分之二以上同意，而退股协议是在未达到该比例的情况下签订的，此时该协议可能因违反公司章程而存在效力瑕疵，但其他股东事后追认的除外。
2. 涉及优先购买权
   • 如果股东退股时，其他股东享有优先购买权，退股协议应当保障其他股东优先购买权的行使。如果退股协议未考虑其他股东的优先购买权，可能会被认定为无效或者部分无效。
   • 举例：股东甲与股东乙签订退股协议，约定甲将其持有的股份转让给乙，但未通知其他股东，侵犯了其他股东的优先购买权，此时其他股东可以主张该转让协议无效或者要求按照同等条件购买甲的股份。

建议：在签订退股协议前，建议你仔细审查协议内容，确保协议符合法律规定和公司章程的要求，避免出现无效情形。如果对协议的效力存在疑问，可以向我进一步咨询，我会为你提供专业的法律意见。