被仲裁的公司理论上可以注销，但必须依法进行清算并妥善处理所有未了结的债务和法律责任，包括仲裁中的争议。以下从多个角度为你详细分析：

一、公司注销的基本条件与程序

根据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，公司注销需满足一定条件，如完成清算程序、清偿债务等。具体来说，公司注销的条件通常包括：公司被依法宣告破产；公司章程规定的营业期限届满或其他解散事由出现；公司因合并、分立解散；公司被依法责令关闭。在满足上述条件之一的情况下，公司可以向登记机关提交注销申请，并经过解散、清算、注销登记等严格的法定程序来完成注销。这些程序包括但不限于成立清算组、通知债权人申报债权、清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、制定清算方案并经股东会或股东大会确认等。

二、仲裁程序与公司注销的关系及影响

1. 仲裁程序的独立性：仲裁程序是解决争议的一种机制，与公司注销程序相互独立。即使公司处于仲裁过程中，也不影响其按照法定程序进行注销。但公司在注销前必须妥善处理仲裁中的争议，否则注销可能会受到阻碍或产生不利的法律后果。

2. 未了结纠纷的处理：涉及仲裁意味着公司存在未了结的纠纷和潜在债务。在注销前，公司应确保所有仲裁纠纷和债权债务问题得到妥善处理，以避免损害债权人利益或引发后续法律纠纷。如果公司隐瞒仲裁案件进行注销，清算组成员可能因违法清算而承担法律责任。

3. 仲裁权利义务的承继：公司注销后，其法人资格消灭，原本参加仲裁的主体不复存在。若公司在注销前未妥善处理仲裁事项，可能导致仲裁程序无法正常进行，进而影响相关方的合法权益。在某些特殊情况下，如仲裁案件涉及公司未清偿的债务，债权人有权要求公司的股东、发起人或出资人在未依法清算的范围内承担清偿责任，此时仲裁程序可能会将相关责任主体变更为这些承继者继续进行。

三、不同情况下的处理方式

1. 公司作为被申请人：如果公司作为被申请人，有尚未解决的仲裁案件且涉及财产纠纷，需在注销前先行处理这些纠纷，确保不损害其他人的合法权益。这通常意味着公司需要与仲裁对方达成和解、调解或等待仲裁裁决作出并履行完毕后再进行注销。

2. 公司主动提起仲裁：如果公司主动提起仲裁维权或追债，则注销不受此影响，但仍需依法进行清算和注销程序。公司应确保在注销前，其提起的仲裁案件已经得到妥善处理或已经采取了必要的法律措施来保障其权益。

四、恶意注销的法律后果

如果公司试图通过注销来逃避仲裁责任或裁决结果，这将被视为恶意行为。在这种情况下，公司不仅无法免除其法律责任，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任、被列入失信被执行人名单等。此外，仲裁机构和法院也可能对恶意注销行为进行制裁，如裁定公司承担更高的赔偿责任或采取其他强制措施。

五、操作建议与风险提示

• 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。如果确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。
• 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。
• 风险防范：公司在注销前应全面评估可能面临的法律风险，特别是涉及仲裁纠纷和债权债务的问题。必要时，可以寻求专业法律人士的帮助来确保注销过程的合法合规性。

综上所述，被仲裁的公司虽然可以注销，但必须严格遵守相关法律法规，依法进行清算并妥善处理所有未了结的债务和法律责任。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。