核心结论：农村签合同的土地上有房屋，需根据房屋性质、合同约定及法律规定分情况处理，具体如下：

1. 若房屋为合法建筑且合同已明确约定处理方式
   若房屋属于合法建造（如持有宅基地使用权证、乡村建设规划许可证等），且土地承包/流转合同中已明确约定房屋的归属、使用或补偿条款（例如“合同终止时房屋归发包方所有，承包方不得拆除”），则双方应按合同约定履行。
   法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。若一方违约，另一方可要求继续履行、赔偿损失或解除合同。

2. 若房屋为合法建筑但合同未约定处理方式
   若合同未提及房屋，需区分土地性质：

   • 宅基地上的房屋：宅基地使用权与房屋所有权不可分割，若土地流转涉及宅基地（如通过“以地换房”形式），需符合《土地管理法》第62条“一户一宅”原则，且流转对象仅限本集体经济组织成员。若违反规定，合同可能因违法而无效，房屋可能面临被收回或拆除风险。
     
   • 承包地（如耕地、林地）上的房屋：若房屋为农业附属设施（如看护房、仓储房），需符合《自然资源部农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》中关于面积、用途的限制；若为非农建设（如住宅、工厂），则属于违法用地，房屋可能被认定为违建并强制拆除，合同也可能因违法而无效。
     处理建议：双方可协商补充协议，明确房屋归属或补偿标准；若协商不成，可诉至法院，由法院根据房屋价值、土地用途、双方过错等因素判决。

3. 若房屋为违法建筑
   若房屋未取得合法建设手续（如无规划许可、未批先建），则属于违法建筑。根据《城乡规划法》第65条，乡镇政府有权责令限期拆除；若土地流转合同涉及违法建筑，合同可能因违反法律强制性规定而无效，双方需承担相应责任（如返还土地、赔偿损失等）。
   风险提示：违法建筑不受法律保护，即使合同约定“房屋归承包方所有”，该条款也可能因违法而无效，承包方可能面临“房财两空”风险。

实务建议：

• 签订土地合同时，务必明确房屋性质（合法/违法）、归属及处理方式，避免模糊条款；
  
• 若房屋为合法建筑，建议办理产权登记或备案手续，增强权利稳定性；
  
• 若涉及违法建筑，应立即停止使用并补办手续，或与发包方协商拆除补偿，降低法律风险。
  

如有具体合同条款或房屋情况需分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。