结论：超市停止经营后，若将烟草证保留并将烟草交由他人售卖，这种行为是不合法的，可能涉及非法经营罪等法律责任。
详细分析：
烟草专卖制度：
- 根据我国相关法律法规，烟草属于专卖品，其销售必须获得烟草专卖行政主管部门的许可，并持有有效的烟草专卖零售许可证。
- 烟草专卖零售许可证是针对特定经营场所和经营者的，具有专属性，不得随意转让或借予他人使用。
非法经营罪：
- 若超市停止经营后，将烟草证保留并将烟草交由他人售卖，这种行为实际上构成了未经许可经营专卖物品的行为。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条的规定，未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的，可能构成非法经营罪。
- 非法经营罪的处罚根据情节的严重程度而定，可能包括有期徒刑、拘役和罚金等。
其他法律责任：
- 除了非法经营罪外，这种行为还可能违反其他相关法律法规，如《烟草专卖法》等，面临行政处罚的风险。
- 若售卖的烟草为假冒伪劣产品，还可能涉及生产、销售伪劣产品罪等更严重的法律责任。
法律建议：
- 立即停止违法行为：若超市已经停止经营，应立即停止将烟草证保留并将烟草交由他人售卖的行为，以避免进一步的法律风险。
- 妥善处理烟草证和烟草：应按照相关规定，妥善处理烟草证和剩余的烟草产品，如办理注销手续、将烟草产品退回供应商等。
- 咨询专业律师：若对相关法律法规或处理流程存在疑问，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
可能后果：
- 若被执法机关查处，可能面临罚款、没收违法所得、吊销烟草专卖零售许可证等行政处罚。
- 若情节严重，构成非法经营罪或其他犯罪，还可能面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役和罚金等。
总之，超市停止经营后，将烟草证保留并将烟草交由他人售卖的行为是不合法的，可能涉及严重的法律责任。建议立即停止该行为，并妥善处理相关事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。