被兼并的公司的诉讼，一般由兼并后的公司承担，但具体还需根据兼并方式、法人资格变化及权利义务承继情况来确定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 一般原则

   • 根据《中华人民共和国民法典》第六十七条的规定，法人合并时，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。企业兼并作为法人合并的一种形式，同样遵循这一原则。因此，在大多数情况下，被兼并公司的诉讼权益将由兼并后的公司继承和承担。

2. 兼并完成且办理相关手续

   • 若企业兼并程序已完成，被兼并企业已注销，兼并企业已变更或新设登记，那么诉讼主体将明确为兼并后的公司。例如，甲企业兼并乙企业，乙企业注销后，甲企业继续经营并承接乙企业的所有诉讼权益，包括作为原告或被告参与诉讼。

3. 兼并协议签订但未办理工商登记

   • 实际控制与经营转移：尽管未办理工商登记，但如果被兼并企业已由兼并方实际控制和经营，那么在实际操作中，兼并方可能会被视为诉讼主体。这是因为兼并方已经实际承担了被兼并企业的经营管理责任，包括诉讼事务。
   • 仍由原企业经营管理：如果兼并协议签订后，被兼并企业仍由原管理层经营，那么在诉讼中，可能仍以被兼并企业为诉讼主体。然而，这并不意味着兼并方完全免责，因为兼并方在兼并协议中可能承担了特定的责任或义务。待兼并程序完成后，诉讼主体可能会变更为兼并后的公司。

4. 吸收合并与新设合并

   • 吸收合并：在吸收合并中，一个企业吸收其他企业，被吸收企业解散。此时，由吸收企业作为诉讼主体。例如，甲公司吸收乙公司，乙公司解散后，其诉讼权益由甲公司承担。
   • 新设合并：在新设合并中，两个以上企业合并成立新企业，原企业解散。此时，由新企业作为诉讼主体。例如，丙公司与丁公司合并成立戊公司，丙、丁公司解散后，其诉讼权益由戊公司承担。

5. 以收购股权方式实现兼并

   • 收购全部股权：如果兼并方收购被兼并企业全部股权，被兼并企业法人资格可能保留，但实际控制权转移。在这种情况下，涉及被兼并企业自身债权债务纠纷时，仍以被兼并企业为诉讼主体。然而，兼并方可能因实际控制权而需承担相应责任，特别是在被兼并企业无法独立承担民事责任时。
   • 收购部分股权：如果兼并方仅收购部分股权，被兼并企业法人资格和经营管理相对独立，那么仍以被兼并企业为诉讼主体。兼并方在其出资范围内承担有限责任，并可能作为第三人参与诉讼。

6. 特殊情形

   • 在某些特殊情况下，如被兼并企业未办理注销登记但丧失实际经营能力时，尽管名义上仍具有法人资格，但无法独立承担民事责任。此时，可将兼并方列为共同被告承担责任。这是因为兼并方在实际操作中可能已经控制了被兼并企业的资产和业务，应当承担相应的法律责任。

实际应用建议：

• 在确定被兼并公司的诉讼主体时，应首先审查兼并方式、法人资格变化及权利义务承继情况。
• 对于具体案件，需结合上述法律知识点进行综合分析，确保诉讼主体的准确性。
• 如果您在处理相关诉讼事务时遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。