变通报销违反财经纪律的处理方式需根据具体情节严重程度、行为性质及造成的后果综合判断，一般分为行政处分、党纪处分、刑事追责三种情形。以下结合不同场景展开说明：

一、行政处分（适用于情节较轻、未造成重大损失的情形）

若变通报销行为属于违反单位内部财务管理制度（如虚构费用项目、超标准报销、未按规定审批等），但未触犯刑法，通常由单位或上级主管部门依据《财政违法行为处罚处分条例》《行政机关公务员处分条例》等规定处理：

1. 处理程序：单位财务部门或审计部门发现后，需进行调查核实，确认违规事实及金额，形成书面报告；
   
2. 处分类型：根据情节轻重，可给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分；
   
3. 追缴款项：要求违规人员退还多报、虚报的费用，并可能处以罚款（如按违规金额的10%-50%罚款）；
   
4. 典型案例：某单位员工通过伪造发票报销个人消费2万元，单位调查后责令其退还款项，并给予记过处分。

二、党纪处分（适用于党员干部的违规行为）

若违规人员为党员干部，且行为违反《中国共产党纪律处分条例》中关于“廉洁纪律”的规定（如利用职务便利谋取私利、虚报冒领等），除行政处分外，还需接受党纪处分：

1. 处分依据：根据《条例》第111条（虚报冒领等行为）、第112条（利用职权或职务影响侵占非本人经管的公私财物）等条款；
   
2. 处分类型：警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍；
   
3. 程序要求：需由党组织启动调查程序，经党委（党组）会议审议后作出处分决定，并报上级纪委备案；
   
4. 典型案例：某党员干部通过变通报销方式套取公款3万元用于个人消费，被给予撤销党内职务处分，并退还款项。

三、刑事追责（适用于情节严重、构成犯罪的情形）

若变通报销行为涉及贪污、挪用公款、诈骗等犯罪（如通过伪造凭证、虚构项目等方式非法占有公共财物），可能触犯《刑法》相关条款：

1. 贪污罪（《刑法》第382条）：国家工作人员利用职务便利，侵吞、窃取、骗取公共财物，数额较大（3万元以上）或情节严重的，处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大（20万元以上）或有其他严重情节的，处3-10年有期徒刑，并处罚金或没收财产；
   
2. 挪用公款罪（《刑法》第384条）：国家工作人员挪用公款归个人使用，进行非法活动或数额较大（5万元以上）超过3个月未还的，处5年以下有期徒刑或拘役；情节严重的，处5年以上有期徒刑；
   
3. 诈骗罪（《刑法》第266条）：若非国家工作人员通过虚构事实、隐瞒真相骗取单位财物，数额较大（3000元至1万元以上）的，处3年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金；
   
4. 典型案例：某国企财务人员通过伪造合同、发票等方式套取公款50万元，被以贪污罪判处有期徒刑5年，并处罚金20万元。

实务建议

1. 自查自纠：若单位发现变通报销行为，应立即停止违规操作，主动退还款项，并完善内部审批流程，避免扩大风险；
   
2. 配合调查：若被纪检监察机关或司法机关调查，需如实说明情况，提供相关证据，避免隐瞒或伪造证据导致更严重后果；
   
3. 法律咨询：涉及复杂情节或金额较大的案件，建议及时咨询专业律师，评估行为性质及法律风险，制定应对策略。
   

若您或您所在单位遇到类似问题，可直接向我咨询具体细节，我会结合证据材料和当地司法实践提供针对性建议。