如果公司克扣了劳务公司的费用，劳务公司可以采取以下措施来维护自身权益：
核查合同条款：
- 首先，劳务公司应仔细审查与用工单位签订的劳务派遣合同或相关协议，确认合同中关于费用支付的具体条款，包括支付方式、支付时间、支付金额以及违约责任等。
- 如果合同中有明确约定，且用工单位确实存在克扣费用的情况，劳务公司可以依据合同条款向用工单位提出异议，并要求其按照合同约定支付费用。
协商与沟通：
- 在发现费用被克扣后，劳务公司应积极与用工单位进行沟通，了解克扣费用的具体原因，并尝试通过协商解决问题。
- 协商过程中，劳务公司可以提出合理的解决方案，如分期支付、补足差额等，以促成双方达成和解。
发送律师函或催告函：
- 如果协商无果，劳务公司可以考虑委托律师发送律师函或催告函给用工单位，明确告知其克扣费用的行为已构成违约，并要求其立即支付拖欠的费用。
- 律师函或催告函通常具有法律威慑力，能够促使用工单位重视并尽快解决问题。
提起诉讼或申请仲裁：
- 如果用工单位仍然拒绝支付费用，劳务公司可以根据合同中的争议解决条款，选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，劳务公司需要提供充分的证据证明用工单位存在克扣费用的行为，以及自身因此遭受的损失。
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，劳务公司有权要求用工单位支付拖欠的费用，并可能要求其承担违约责任或赔偿损失。
寻求行政救济：
- 如果用工单位的行为涉嫌违反劳动保障法律法规，劳务公司还可以向当地劳动保障行政部门投诉，寻求行政救济。
- 劳动保障行政部门有权对用工单位的违法行为进行调查处理，并可能责令其支付拖欠的费用或处以罚款等行政处罚。
在采取上述措施时，劳务公司需要注意以下几点：
- 保留证据：劳务公司应妥善保管与用工单位之间的合同、发票、付款记录等证据材料，以便在需要时提供证明。
- 及时行动：一旦发现费用被克扣，劳务公司应尽快采取行动，避免超过诉讼时效或仲裁时效。
- 专业咨询：在处理此类纠纷时，劳务公司可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分维护。
最后，我想强调的是，劳务派遣关系中的费用支付问题直接关系到劳务公司的切身利益。因此，劳务公司在与用工单位签订合同时应明确约定费用支付条款，并在合作过程中保持警惕，及时发现并解决问题。如果遇到难以解决的纠纷，不妨直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。