在交通事故车辆合法扣押期间，停运损失费在实务中一般不能获得赔偿。以下从法律依据、法理分析、特殊情况三个角度为您详细阐述：

法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》相关规定：

   • 根据《民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在车辆被合法扣押的情形中，扣押行为是基于合法的执法或司法程序，并非基于过错侵害车主的民事权益。因此，合法扣押行为本身不构成对车主财产权益的侵权行为，不应承担停运损失的赔偿责任。

2. 相关司法解释及案例指引：

   • 在司法实践中，最高人民法院的相关判例也倾向于认为，因行政机关依法实施强制扣押措施导致车辆无法正常运营而产生的停运损失，不属于国家赔偿的范围。例如，在一些涉及交通执法的案件中，法院明确指出，当事人因违法经营被查处，车辆被依法扣押期间的停运损失，是其违法行为所应承担的后果，不应由执法机关予以赔偿。

法理分析

1. 合法扣押行为的性质与目的：

   • 合法扣押是法律赋予执法机关或司法机关的一种权力，其目的在于维护社会秩序、保障公共安全、执行法律规定等。当车辆存在违法行为、涉嫌犯罪或其他符合扣押条件的情况时，相关部门依法对车辆进行扣押，是为了实现法律的公正和社会的公共利益。这种扣押行为具有正当性和合法性，并非针对车主的不当侵害。

2. 停运损失的性质与归责原则：

   • 停运损失通常是指车辆在正常运营过程中因某种原因停止运营所造成的经济损失。一般来说，停运损失的归责原则是基于过错责任原则，即只有当一方当事人的过错行为导致另一方遭受停运损失时，过错方才需要承担赔偿责任。而在车辆合法扣押的情况下，扣押机关的行为并无过错，其行为是依据法律规定进行的，因此不应承担停运损失的赔偿责任。

特殊情况

• 非法扣押或不当扣押导致的停运损失：
  • 如果车辆的扣押行为被认定为非法或不当，例如执法机关在没有合法依据的情况下擅自扣押车辆，或者扣押程序严重违反法律规定，给车主造成了不必要的损失，那么车主有权要求扣押机关承担相应的赔偿责任，包括停运损失。在这种情况下，车主可以通过行政复议、行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。

总结与建议：

在交通事故车辆合法扣押期间，由于扣押行为的合法性和正当性，以及停运损失归责原则的限制，车主一般难以获得停运损失的赔偿。然而，如果扣押行为存在非法或不当的情形，车主则有权要求赔偿。因此，在面对此类情况时，车主应首先了解扣押行为的合法性，并咨询专业律师以评估自己的权益和可能的救济途径。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。