结论：村集体土地承包合同中，甲、乙方为同一个法人时，合同是否有效需分情况讨论，不能一概而论。
分析如下：
合同主体适格性：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，合同双方应当具有相应的民事权利能力和民事行为能力。在村集体土地承包合同中，通常甲方为村集体组织，乙方为承包方（可以是自然人、法人或其他组织）。若甲、乙方为同一个法人，这实际上意味着合同双方是同一主体，这在法律上通常是不被允许的，因为合同需要至少两个独立的主体来形成合意。
- 例外情况：如果村集体组织内部设立了具有独立法人资格的分支机构或子公司，且该分支机构或子公司作为乙方与村集体组织（甲方）签订承包合同，且这种安排符合村集体组织的章程和相关法律法规的规定，那么合同可能是有效的。但这种情况较为特殊，需要具体分析。
合同内容合法性：
- 即使甲、乙方为同一个法人的情况在形式上被允许（如上述例外情况），合同内容也必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，不得损害村集体组织的利益或其他成员的合法权益。
- 如果合同内容存在违法或损害他人利益的情况，那么合同将是无效的。
合同实际履行情况：
- 合同的效力不仅取决于其形式和内容，还取决于其实际履行情况。如果甲、乙方为同一个法人的合同在实际履行过程中没有造成任何不良后果，且符合相关法律法规和村集体组织章程的规定，那么在实际操作中可能不会被认定为无效。但这并不意味着这种合同形式在法律上是被鼓励的。
法律建议：
- 避免同一法人签订：为了避免潜在的法律风险，建议村集体组织在签订土地承包合同时，确保合同双方是独立的主体，避免甲、乙方为同一个法人。
- 审查合同内容：无论合同双方是谁，都应仔细审查合同内容，确保其合法、合规，并符合村集体组织的利益和其他成员的合法权益。
- 咨询专业律师：在签订涉及村集体土地承包等复杂法律关系的合同时，建议咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
可能后果：
- 如果甲、乙方为同一个法人的合同被认定为无效，那么双方可能需要根据各自的过错程度承担相应的法律责任，包括返还财产、赔偿损失等。
- 此外，这种合同形式还可能引发村集体组织内部成员之间的纠纷和不满，影响村集体组织的稳定和和谐。
综上所述，村集体土地承包合同中甲、乙方为同一个法人时，合同是否有效需根据具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。