结论前置：合同双方主体是自然人的情况下，在法院进行民事案件起诉时，不需要使用公司名义，直接以自然人名义起诉即可。

详细解释与分析：

1. 合同主体与诉讼主体的一致性：

   • 在合同纠纷中，诉讼主体通常应当与合同主体保持一致。如果合同是双方自然人之间签订的，那么在发生纠纷时，起诉或应诉的主体也应当是这两个自然人，而不是他们可能关联或代表的公司。

2. 自然人作为诉讼主体的资格：

   • 自然人作为民事主体，具有独立的法律人格，享有民事权利并承担民事义务。因此，他们完全有资格作为诉讼主体，在法院提起或参与民事诉讼。

3. 公司名义起诉的适用情形：

   • 公司名义起诉通常适用于合同主体为公司或法人组织的情况。如果合同是公司与其他主体（包括自然人或其他公司）之间签订的，那么在发生纠纷时，公司可以作为诉讼主体提起诉讼。但在本题中，合同双方主体均为自然人，因此不适用公司名义起诉。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在准备起诉材料时，自然人需要提供自己的身份证明（如身份证）以及与合同纠纷相关的证据材料（如合同文本、付款凭证、沟通记录等）。
   • 起诉状应当明确写明原告（即起诉的自然人）和被告（即被起诉的自然人）的基本信息、诉讼请求、事实与理由等。

5. 可能的法律后果：

   • 如果错误地以公司名义起诉自然人之间的合同纠纷，法院可能会以诉讼主体不适格为由驳回起诉。这不仅会浪费当事人的时间和精力，还可能影响纠纷的及时解决。

建议：

• 在准备起诉前，务必确认合同主体和诉讼主体的一致性，确保以正确的名义提起诉讼。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保起诉材料的准备和诉讼程序的进行都符合法律规定。

总结：合同双方主体是自然人的情况下，在法院进行民事案件起诉时，应直接以自然人名义起诉，无需使用公司名义。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。