如果修理厂通过合同骗取了您的营运费，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
收集并固定证据：
- 首先，您需要收集所有与修理厂签订的合同、付款凭证、沟通记录（如短信、微信、邮件等）以及任何能证明修理厂存在欺诈行为的证据。这些证据将对于后续的法律程序至关重要。
- 确保所有证据都是原始、真实且未经篡改的，以便在需要时能够作为有效证据提交给法院或相关机构。
与修理厂协商：
- 在收集到足够证据后，您可以尝试与修理厂进行协商，要求其退还骗取的营运费，并可能要求赔偿因此造成的损失。
- 协商过程中，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和依据，同时倾听修理厂的解释和回应。
向相关部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的市场监管部门或消费者协会投诉修理厂的欺诈行为。
- 投诉时，提供详细的证据和情况说明，以便相关部门能够迅速了解情况并展开调查。
提起民事诉讼：
- 如果投诉仍未解决问题，您可以考虑向法院提起民事诉讼，要求修理厂退还营运费并赔偿损失。
- 在提起诉讼前，建议您咨询专业律师，了解诉讼流程和可能的风险，以便更好地准备诉讼材料和策略。
- 诉讼过程中，您需要按照法院的要求提交证据、参加庭审等，积极维护自己的合法权益。
考虑刑事报案：
- 如果修理厂的欺诈行为涉嫌犯罪（如诈骗罪），您还可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。
- 报案时，提供详细的证据和情况说明，以便公安机关能够迅速立案并展开侦查。
在采取上述措施时，您需要注意以下几点：
- 及时性：一旦发现修理厂存在欺诈行为，应尽快采取行动，以免错过最佳的维权时机。
- 合法性：在维权过程中，务必遵守法律法规，不要采取过激或违法的行为。
- 专业性：如果可能的话，寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的权益和维权途径。
最后，我想强调的是，面对合同欺诈行为，您不应感到无助或绝望。通过合法途径维护自己的权益是每个公民的权利和义务。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律帮助。