在交通事故赔偿中，仅有付款凭证而没有发票，能否作为赔偿依据需分情况讨论，具体如下：

1. 小额、非正式交易场景
   若赔偿项目属于小额支出（如临时购买急救用品、小额交通费等），且付款凭证（如收据、转账记录、电子支付截图）能清晰证明费用实际发生，法院在审理时可能结合事故责任认定、伤情治疗必要性等证据，酌情认可该部分费用。但需注意，此类凭证的证明力较弱，若对方提出异议，可能需补充证人证言、现场照片等辅助证据。

2. 大额、正式交易场景
   若涉及医疗费、车辆维修费等大额支出，根据《发票管理办法》规定，发票是法定凭证，付款凭证（如维修厂收据、转账记录）单独使用通常无法直接证明费用合理性。此时需补充以下材料：

   • 医疗费：要求医院出具加盖公章的收费明细清单，或通过医保系统打印缴费记录，结合病历、诊断证明等形成证据链；
     
   • 车辆维修费：要求维修厂提供维修清单、更换零件的进货凭证（如进货单、合格证），或通过保险公司定损报告佐证费用必要性；
     
   • 其他费用：如护理费需护理协议及护理费支付记录，误工费需单位出具的误工证明及工资流水等。

3. 特殊情况：对方拒开发票
   若因对方（如维修厂、医疗机构）拒开发票导致无法取得，可采取以下措施：

   • 向税务机关举报对方违法行为（拨打12366纳税服务热线），要求税务机关责令对方补开发票；
     
   • 保留与对方的沟通记录（如短信、录音），证明已尽到索要发票的义务；
     
   • 若对方仍拒绝，可凭付款凭证、其他辅助证据（如维修前后的车辆照片、医疗记录）向法院起诉，法院可能根据实际损失酌情判决，但赔偿金额可能低于发票金额（因无法证明费用完全合理）。

建议：为避免纠纷，事故发生后应尽量要求对方开具正规发票，并妥善保存所有与赔偿相关的凭证（包括发票、付款记录、协议、沟通记录等）。若已发生无发票的情况，可按上述方法补充证据，或直接联系我进一步分析具体证据材料，制定应对方案。