关于店铺被人强占多年，权利人起诉的时限问题，结论前置如下：

1. 一般情况下，权利人起诉的时限受诉讼时效制度约束，但强占行为可能构成持续侵权，诉讼时效可能从侵权行为终止之日起算。
2. 若强占行为构成无权占有，权利人可依据物权请求权主张返还，该请求权不受诉讼时效限制。

详细分析如下：

一、诉讼时效制度的一般规定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。然而，这一规定在强占店铺的情境下可能并不直接适用，因为强占行为往往构成持续侵权。

二、持续侵权与诉讼时效的起算

在强占店铺的情况下，如果强占行为持续存在，即侵权行为一直未停止，那么诉讼时效的起算点可能并非从强占行为开始之日起算，而是从侵权行为终止之日起算。这意味着，只要强占行为仍在继续，权利人就有权随时起诉要求返还店铺，而不受三年诉讼时效的限制。但需要注意的是，一旦强占行为终止，权利人应在三年内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。

三、物权请求权与诉讼时效

此外，如果强占行为构成无权占有，即强占者没有合法的占有依据，那么权利人可以依据物权请求权主张返还店铺。根据《中华人民共和国民法典》的规定，物权请求权不受诉讼时效的限制。这意味着，无论强占行为持续了多久，权利人都有权要求强占者返还店铺。

四、实际操作建议

1. 收集证据：权利人应尽可能收集与强占行为相关的证据，如强占者的身份信息、强占行为的发生时间、地点、方式等，以及店铺的产权证明等文件。
2. 咨询律师：在提起诉讼前，权利人应咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及诉讼的可能结果和风险。
3. 及时起诉：如果强占行为仍在继续，权利人可以随时起诉要求返还店铺；如果强占行为已经终止，但权利人仍在诉讼时效期间内，也应尽快起诉以维护自己的合法权益。

最后需要强调的是，法律问题往往具有复杂性和个体差异性，因此在实际操作中，权利人应根据自己的具体情况和当地法律法规的规定来制定合适的维权策略。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。