用人单位因员工作息时间安排中的迟到行为进行罚款，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从法律条文的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位并非行政执法机关，不具有罚款的权力。罚款通常属于行政处罚的范畴，只能由法律授权的行政机关或司法机关来行使。
   • 如果用人单位在规章制度中规定了迟到罚款的条款，并且该规章制度经过了民主程序制定、公示或告知了劳动者，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，不存在明显不合理的情形，那么该规章制度在形式上可能是有效的。但是，这并不意味着罚款行为本身就合法，因为规章制度的有效性并不等同于罚款行为的合法性。

2. 从实际操作的角度：

   • 在实践中，即使规章制度中规定了迟到罚款，如果罚款金额过高或罚款方式不合理，也可能被认定为违法。例如，罚款金额超过了劳动者当月工资的20%，或者罚款导致劳动者当月工资低于当地最低工资标准，这些都是不合法的。
   • 此外，如果用人单位以罚款为手段来变相克扣工资或强迫劳动者加班等，更是严重违反了劳动法律法规的规定。

3. 从劳动者权益保护的角度：

   • 劳动者有权获得劳动报酬，并且该报酬应当不低于当地最低工资标准。如果用人单位因迟到而罚款，导致劳动者工资减少，甚至低于最低工资标准，那么劳动者的合法权益就受到了侵害。
   • 劳动者在面对不合理的罚款时，有权向用人单位提出异议，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

建议：

• 对于用人单位而言，应当遵守相关法律法规的规定，不得随意对劳动者进行罚款。如果确实需要约束劳动者的行为，可以通过其他合法方式来实现，如设定合理的考勤制度、提供奖励机制等。
• 对于劳动者而言，如果遇到了用人单位因迟到而罚款的情况，可以先与用人单位进行协商沟通。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。