针对您提出的“在职学术不端，退休后怎么处理”的问题，这是一个涉及学术诚信与退休公职人员纪律处分两个层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、在职学术不端的处理原则
首先，我们需要明确在职期间学术不端的处理原则。根据教育部研究起草的《高等学校预防与处理学术不端行为办法》（征求意见稿），学术不端行为一旦被认定为情节严重，如剽窃、抄袭、篡改研究成果、伪造科研数据等，责任人将面临严厉的处罚，包括但不限于开除或解聘。这些处罚措施旨在维护学术诚信，促进教学科研和学术研究的健康发展。
二、退休公职人员案件处理的特殊性
当涉及退休公职人员时，案件的处理需要考虑到其特殊性。退休公职人员违纪违法案件在审查调查程序、处分执行、待遇调整等方面，均与在职公职人员有所区别。具体来说：
立案程序的启动：
- 对于退休前或退休后有违纪违法行为的退休公职人员，如为中共党员，纪律审查没有追究时效限制，可以进行党纪立案。
- 如非中共党员，依据监察法相关规定，监察机关可以立案调查，并不因其退休而不能管辖。但实践中，如没有违法所得的，一般需提前研判依法应给予的处分档次，根据立案必要性区分情况处理。
立案主体的确定：
- 公职人员不因退休而改变原干部管理权限，对其立案应根据办理退休手续时的干部管理权限确定立案主体。
- 如公职人员退休后因党组织关系转移导致与干部管理权限相分离，需根据具体情况确定立案主体，并加强衔接配合、及时相互通报情况。
立案种类的适用：
- 如发现公职人员退休或离职前涉嫌职务犯罪行为，只要未超过刑法规定的追诉时效，监察机关即有权进行政务立案，并区分情况是否移送审查起诉。
三、退休后学术不端行为的处理
对于退休后才发现的在职期间学术不端行为，处理方式主要取决于以下几个因素：
学术不端行为的严重程度：
- 如果学术不端行为被认定为情节严重，且在职期间未受到相应处罚，那么在退休后仍有可能被追究责任。这可能包括降低专业技术职务等级、撤销专业技术职务或行政职务等处罚，尽管开除或解聘在退休后可能不再适用，但其他形式的处罚仍然可能。
退休待遇的调整：
- 根据相关规定，严重违纪违法的退休公职人员，其退休待遇可能会受到调整。这包括停发退休费、降低基本退休费、取消原退休费待遇等。具体调整方式需根据违纪违法行为的性质、情节以及相关规定来确定。
法律与纪律的适用：
- 在处理退休后发现的在职期间学术不端行为时，需要综合考虑法律与纪律的适用。一方面，要确保处理结果符合法律法规的规定；另一方面，也要体现纪律的严肃性和公正性。
四、建议与措施
加强学术诚信教育：
- 高校和科研机构应加强对在职人员的学术诚信教育，提高其对学术不端行为的认识和警惕性。
完善学术监督机制：
- 建立健全学术监督机制，加强对学术成果的审核和把关，防止学术不端行为的发生。
依法依规处理违纪违法行为：
- 对于发现的学术不端行为，应依法依规进行处理，确保处理结果的公正性和严肃性。
关注退休公职人员的纪律处分：
- 对于退休公职人员的违纪违法行为，应给予足够的关注和处理，确保纪律的严肃性和公正性不受影响。
综上所述，对于在职学术不端行为，即使责任人已经退休，仍有可能被追究责任并受到相应的处罚。这包括退休待遇的调整和其他形式的纪律处分。因此，建议高校和科研机构加强学术诚信教育，完善学术监督机制，并依法依规处理违纪违法行为。