结论前置：法院将个人借款条当作收条处理是否合法，不能一概而论，需分情况讨论。
若借款条内容明确，具备借款合同核心要素，且无歧义：
- 借款条通常应明确记载借款人、出借人、借款金额、借款期限、利息等核心条款，这些条款是借款合同的重要组成部分。
- 如果借款条内容完整、清晰，且双方对借款事实无争议，法院在审理过程中，会依据借款条的内容来认定借款事实，而不会将其错误地当作收条处理。因为收条通常仅证明款项的收付，不涉及借款的合意和具体条款。
- 在此情况下，法院若错误地将借款条当作收条处理，可能构成事实认定错误，当事人可以依法提出上诉或申请再审。
若借款条内容模糊，或存在歧义，且无法与其他证据相互印证：
- 如果借款条的内容模糊不清，或者存在多种解释可能，且无法与其他证据（如转账记录、聊天记录等）相互印证，形成完整的证据链，那么法院在审理过程中可能会面临事实认定的困难。
- 在这种情况下，法院可能会根据双方当事人的陈述、举证情况，以及日常经验法则等，对借款条的性质进行综合判断。如果法院认为借款条更倾向于证明款项的收付，而非借款合意，那么将其当作收条处理，在法律上并非完全不可接受。
- 但即便如此，法院也应尽可能通过释明、调查取证等方式，查明事实真相，避免误判。当事人若认为法院处理不当，仍可依法维权。
若借款条被篡改或伪造，且法院未能识别：
- 如果借款条存在被篡改或伪造的情况，且法院在审理过程中未能识别出来，那么将借款条当作收条处理，显然是不合法的。
- 在这种情况下，当事人可以依法提出鉴定申请，或者提供其他证据证明借款条的真实性，以维护自己的合法权益。
总结与建议：法院将个人借款条当作收条处理是否合法，取决于借款条的内容、双方当事人的举证情况，以及法院对事实的认定。如果你面临类似情况，建议仔细审查借款条的内容，收集并整理相关证据，以便在诉讼过程中充分维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。