被告人已经履行还款义务但原告仍不撤诉时，被告人可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 明确结论与首要行动

首先，确保你拥有确凿的证据证明已偿还全部款项，这是解决问题的关键。证据应包括但不限于银行转账记录、收款收据、双方签署的还款协议等文件。这些证据将作为后续行动的基础。

1. 主动与原告沟通

   • 积极联系：尝试与原告进行心平气和的沟通，解释你已履行了还款义务，并请求其向法院提交撤诉申请。说明继续诉讼不仅对你造成不必要的困扰，也会浪费司法资源，争取得到对方的理解与配合。
   • 保留沟通记录：在与原告沟通过程中，保留好聊天记录、通话录音等相关记录，以备后续需要。

2. 向法院提供证据并申请审查

   • 准备材料：收集并整理好能证明债务已清偿的证据材料，如银行转账记录、收款收据、还款协议等。
   • 正式提交：将这些材料通过正规的送达方式，如法院专递邮寄或直接到法院立案窗口提交给法院，并向法官说明债务已经履行完毕的情况，申请法院审查并考虑终结诉讼程序。同时，保留好提交凭证。

3. 查询案件进展并申请法院裁定

   • 查询状态：拨打法院的诉讼服务热线或直接到法院立案庭、审判庭咨询，提供案件相关信息，了解案件目前的状态及法院对该案件的后续安排。
   • 申请裁定：如果原告经沟通后仍不配合撤诉，你可以向法院提交书面申请，详细说明债务已清偿的事实和理由，附上还款证据，请求法院依法裁定终结诉讼程序。申请应包含申请人信息、案件基本情况、申请事项（请求终结诉讼）以及事实与理由等内容，确保格式规范、表述清晰准确。

4. 了解法律规定与法院裁决原则

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，民事诉讼应遵循诚信原则，且当事人有权在法律规定的范围内处分自己的民事权利和诉讼权利。宣判前，原告有权申请撤诉，但是否准许由人民法院裁定。这意味着撤诉并非由原告单方面决定，而是需要经过法院的审查与裁定。

5. 注意可能存在的其他纠纷

   • 尽管欠款已经还清，但原告未撤诉可能意味着双方之间还存在其他纠纷或争议。因此，你需要仔细审查原告的诉讼请求和理由，以便更好地应对可能的纠纷。

6. 保持冷静并寻求进一步法律帮助（如需）

   • 面对原告不撤诉的情况，保持冷静至关重要。采取合适的措施来解决问题，并尊重法律程序和法院的裁决。
   • 如果在处理过程中遇到复杂情况或不确定如何操作，你可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。

总结与建议：

在面对已经偿还欠款但原告未撤诉的情况时，被告人应首先确保自己拥有充分的证据证明债务已清偿，然后主动与原告沟通并尝试达成和解。如果沟通无果，应及时向法院提供证据并申请审查，同时查询案件进展并申请法院裁定。在整个过程中，保持冷静并遵循法律程序至关重要。如果遇到复杂情况或不确定如何操作，建议及时寻求专业法律帮助。