结论：鞋类三包协议中90天之内是否可以直接拒绝维修并换货，并非绝对，而是取决于具体的三包协议内容以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 三包协议的具体内容：

   • 三包协议是商家与消费者之间就商品质量、维修、退换等事宜达成的约定。如果协议中明确规定了90天内出现质量问题可以直接换货，那么消费者当然有权要求换货。
   • 如果协议中仅规定了维修条款，或者换货需要满足特定条件（如维修次数达到一定次数、问题严重程度等），则消费者不能直接要求换货，而应先按照协议要求进行维修。

2. 相关法律法规的规定：

   • 根据《消费者权益保护法》等相关法律法规，消费者在购买商品后享有合法权益，包括商品的质量保证、维修、退换等。但这些权益的具体实现方式，往往需要参照商家与消费者之间的约定（即三包协议）。
   • 如果三包协议中的条款违反了法律法规的强制性规定（如剥夺了消费者的基本权益），则这些条款是无效的，消费者可以依法主张自己的权益。但在大多数情况下，三包协议是双方自愿达成的，且不违反法律法规的强制性规定，因此应按照协议内容执行。

3. 实际操作建议：

   • 查看三包协议：首先，消费者应仔细查看自己购买鞋类时签订的三包协议，了解其中关于维修、退换的具体规定。
   • 与商家沟通：如果协议中未明确规定90天内可以直接换货，但消费者认为问题严重且符合换货条件，可以与商家进行沟通协商，看是否能达成换货的共识。
   • 寻求法律援助：如果商家拒绝换货且消费者认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律援助或向消费者协会投诉，以维护自己的合法权益。

举例说明：假设某消费者购买了一双鞋，并在购买时签订了三包协议。协议中规定，90天内出现非人为损坏的质量问题，商家应提供免费维修服务；若维修两次后仍无法正常使用，消费者可以选择换货或退货。在此情况下，如果消费者的鞋在90天内出现质量问题，但仅维修了一次且问题得到解决，则消费者不能直接要求换货；如果维修了两次后问题仍未解决，则消费者有权要求换货或退货。

法律背景：在处理此类纠纷时，应充分考虑三包协议的具体内容以及相关法律法规的规定。三包协议是商家与消费者之间的约定，具有法律效力；同时，相关法律法规也为消费者提供了基本的权益保障。在两者发生冲突时，应优先适用法律法规的强制性规定；在法律法规无明确规定时，则应参照三包协议的内容执行。

建议：作为消费者，在购买商品时应仔细阅读并理解三包协议的内容，确保自己的权益得到充分保障。在遇到问题时，应首先与商家进行沟通协商；若协商无果，则可以寻求法律援助或向相关部门投诉以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。