核心结论：在拆迁协议已注明原房产证作废的情况下，回迁证明办理时仍被要求提交原房产证，可能存在以下原因及应对方式：

1. 行政程序衔接问题
   拆迁协议虽已明确原房产证作废，但房产登记部门与拆迁管理部门的信息可能未实时同步。根据《不动产登记暂行条例》第14条，不动产权利消灭的，需由利害关系人申请注销登记。若原房产证未完成法定注销程序，登记部门可能仍要求提交原件以核实权属状态。
   建议：携带拆迁协议、作废声明及身份证明，向当地不动产登记中心申请查询原房产证状态。若显示未注销，可要求登记部门依据拆迁协议直接办理注销，或出具权属已灭失的书面证明替代原证提交。

2. 回迁证明审核标准差异
   部分地区回迁证明办理需遵循地方性法规或内部流程，可能要求提交原房产证作为“权属来源证明”的辅助材料。例如，若拆迁协议未详细记载原房产证号、面积等关键信息，审核部门可能需通过原件核对历史数据。
   建议：向回迁证明办理部门索要书面材料清单及依据，核对《国有土地上房屋征收与补偿条例》第15条（需公示征收决定及补偿方案）及地方实施细则。若清单要求缺乏法律依据，可提出异议并要求简化流程。

3. 历史遗留问题处理
   若原房产存在抵押、查封等限制状态，或拆迁前未完成产权纠纷解决，即使协议注明作废，相关部门仍可能要求提交原件以排查风险。例如，《民法典》第229条规定，因人民政府征收决定导致物权消灭的，自征收决定生效时发生效力，但实践中需以注销登记为最终确认。
   建议：通过“不动产登记信息查询平台”或线下窗口，调取原房产的权属登记簿及限制状态记录。若存在未结事项，需先联系相关部门解除限制，再推进回迁证明办理。

4. 材料保管与提交要求
   部分地区可能要求提交原房产证复印件加盖“作废”章，而非原件。若用户误理解为需提交原件，可能因材料形式不符被退回。
   建议：与回迁证明办理部门确认材料具体要求（如是否需原件、复印件是否需公证等），并留存沟通记录。若因部门要求不合理导致延误，可依据《行政许可法》第32条主张其一次性告知义务。

行动建议：

1. 携带拆迁协议、身份证明及原房产证（如有），前往当地不动产登记中心查询原房产状态；
   
2. 向回迁证明办理部门索要书面材料清单及法律依据，核对合理性；
   
3. 若遇部门推诿或要求违法，可向上一级行政机关申请行政复议，或直接提起行政诉讼。
   

如有进一步细节（如地区、拆迁协议具体条款等），可提供更多信息以便针对性分析。