在处理转移夫妻经营公司财产的案件时，起诉案由的选择需根据具体情况来确定，可能是离婚后财产纠纷，也可能是损害股东利益纠纷，具体分析如下：
若转移行为发生在婚姻关系存续期间，且主要涉及夫妻共同财产的分割问题：
- 在此情况下，如果一方在婚姻关系存续期间擅自转移夫妻共同财产（包括夫妻共同经营的公司财产），另一方在离婚后发现该行为的，可以向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。此时，起诉案由通常为离婚后财产纠纷。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》及相关司法解释规定，夫妻一方隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产，或者伪造夫妻共同债务企图侵占另一方财产的，在离婚分割夫妻共同财产时，对该方可以少分或者不分。离婚后，另一方发现有上述行为的，可以向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。
若转移行为不仅涉及夫妻共同财产，还损害了公司其他股东的利益：
- 如果转移夫妻经营公司财产的行为，同时构成了对公司其他股东利益的损害（例如，通过非法手段转移公司资产，导致公司资产减少，进而影响其他股东的分红或股权价值），则其他股东也有权提起诉讼。
- 在此情况下，起诉案由可能为损害股东利益纠纷。这通常发生在公司股东之间，当一方股东的行为损害了其他股东的利益时，受损股东可以依据公司法及相关司法解释提起诉讼。
- 法律依据：《中华人民共和国公司法》及相关司法解释对股东利益的保护有明确规定，股东有权对损害公司利益或其他股东利益的行为提起诉讼。
建议与注意事项：
- 在处理此类案件时，应首先收集并保存好对方转移财产的证据，这是提起诉讼并获得法院支持的关键。
- 根据案件的具体情况，选择合适的起诉案由。如果主要涉及夫妻共同财产的分割问题，且转移行为发生在婚姻关系存续期间，则选择离婚后财产纠纷；如果转移行为同时损害了公司其他股东的利益，则需考虑损害股东利益纠纷。
- 在提起诉讼前，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估，并制定合适的诉讼策略。
总结来说，转移夫妻经营公司财产的起诉案由并非固定不变，而是需要根据案件的具体情况、转移行为的时间点、是否损害其他股东利益等因素来综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。