工程转包后业主是行政单位的，处理方式需结合法律规定与合同约定，具体分以下情况处理：

1. 若转包行为合法（符合法定条件）
   根据《民法典》第791条及《建筑法》第29条，工程转包需满足严格条件：

   • 合法分包情形：若原承包人经业主（行政单位）书面同意，将部分非主体工程分包给具有资质的单位，且分包合同明确约定权利义务，则转包行为合法。此时：
     
     • 行政单位作为业主，仍需按主合同向原承包人支付工程款，原承包人再按分包合同向分包方支付；
       
     • 若分包方因质量问题或工期延误导致行政单位受损，行政单位可依据主合同追究原承包人责任，原承包人再向分包方追偿。
       

2. 若转包行为违法（未经同意或转包主体工程）
   根据《建筑法》第67条及《招标投标法》第48条，违法转包的法律后果包括：

   • 行政责任：行政单位可要求原承包人立即整改，并可能对原承包人处以罚款、降低资质等级或吊销资质证书；
     
   • 民事责任：行政单位有权解除主合同，并要求原承包人赔偿因转包导致的损失（如工期延误、质量不达标等）；
     
   • 实际施工人权益：若分包方（实际施工人）未获工程款，可依据《建设工程司法解释（一）》第43条，直接起诉发包人（行政单位）在欠付工程款范围内承担责任，但行政单位支付后可在应付原承包人款项中扣除。
     

3. 行政单位作为业主的特殊注意事项

   • 合同审查义务：行政单位在签订合同时应明确禁止违法转包，并约定违约责任（如违约金、解除权等）；
     
   • 过程监管责任：行政单位需对工程进度、质量进行定期检查，若发现转包迹象，应及时书面警告并要求整改；
     
   • 付款流程合规：行政单位应直接向原承包人支付工程款，避免直接支付给分包方，否则可能被认定为对转包行为的默许。
     

建议行动：若您涉及此类纠纷，需立即审查主合同、分包合同及行政单位的相关文件（如招标文件、付款凭证等），以确定转包是否合法，并据此制定维权或防御策略。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作细节。