针对您提出的“合伙企业已把出资款投资到有限公司，合伙人退股该如何处理”这一问题，核心结论取决于合伙协议的约定、退伙事由及有限公司股权处置方式，具体分以下几种情况处理：

1. 若合伙协议已明确退伙规则

• 按协议约定执行：若合伙协议中已约定退伙条件（如自愿退伙、当然退伙、除名退伙）、退伙程序（如提前通知期限、资产清算方式）及股权处置方式（如由其他合伙人或合伙企业回购、向第三方转让），则优先按协议约定处理。
  
• 示例：协议约定“合伙人退伙时，合伙企业需在30日内退还其出资对应的有限公司股权价值（按最近一期审计报告或评估报告确定）”，则按此执行即可。

2. 若合伙协议未约定或约定不明

• 协商补充协议：合伙人可协商补充退伙条款，明确退伙条件、程序及股权处置方式。若协商一致，可签订书面补充协议并办理工商变更登记（如涉及有限公司股权转让）。
  
• 依法定规则处理：若协商不成，需依据《合伙企业法》相关规定处理：
  
  • 退伙结算：退伙人对退伙前合伙企业债务承担无限连带责任，同时有权要求合伙企业退还其财产份额（包括出资款及未分配利润）。
    
  • 股权处置：若出资款已转化为有限公司股权，退伙人可通过以下方式退出：
    

       1. **股权转让**：将股权转让给其他合伙人或合伙企业指定的第三方（需其他合伙人同意并优先购买）；  
       2. **合伙企业回购**：若合伙协议允许，合伙企业可回购退伙人的股权，但需确保回购资金来源合法（如合伙企业自有资金或利润分配）；  
       3. **有限公司减资**：若其他合伙人均不愿受让股权，可协商通过有限公司减资方式退出，但需履行《公司法》规定的减资程序（如编制资产负债表、通知债权人、公告等）。
    

3. 特殊情形处理

• 退伙导致合伙企业人数不足：若退伙后合伙企业合伙人不足2人（有限合伙企业不足2个普通合伙人），合伙企业需解散或转为其他组织形式（如个人独资企业），此时需对有限公司股权进行清算分配。
  
• 退伙人损害合伙企业利益：若退伙人存在故意或重大过失损害合伙企业利益的行为，合伙企业可要求其赔偿损失，并从退伙结算中扣除相应金额。

操作建议

1. 审查合伙协议：首先核对协议中关于退伙的条款，明确各方权利义务；
   
2. 协商优先：尽量通过协商解决，避免诉讼或仲裁成本；
   
3. 合规操作：若涉及股权转让或减资，需依法履行工商变更登记或公告程序；
   
4. 税务筹划：退伙可能涉及个人所得税（如股权转让所得）或企业所得税（如合伙企业分配利润），建议提前咨询税务专业人士。

若您有进一步的具体情况（如合伙协议内容、退伙原因、有限公司股权结构等），可随时向我咨询，我会结合实际情况为您制定更详细的解决方案。