秘书是否会被处理取决于其是否参与违法犯罪行为，若未参与则不受牵连，若参与则需承担相应法律责任。具体分析如下：

1. 秘书未参与违法犯罪行为
   若秘书仅履行正常工作职责，未参与贪官的贪污、受贿、滥用职权等违法活动，也未协助其掩盖罪行或转移赃款赃物，则秘书不会因贪官被查而受到法律追究。此时，秘书的职务行为受法律保护，其个人权益也不会因上级的违法行为受损。

2. 秘书参与违法犯罪行为
   若秘书在贪官的授意或共同谋划下，实施了以下行为之一，则可能构成共犯或单独犯罪：

   • 协助贪污受贿：如代收贿赂、伪造账目、转移财产等；
     
   • 滥用职权：如伪造文件、违规审批、干预执法等；
     
   • 包庇纵容：如销毁证据、通风报信、阻碍调查等。
     根据《刑法》相关规定，秘书可能面临贪污罪、受贿罪、滥用职权罪、帮助毁灭证据罪等指控，具体刑罚需结合其参与程度、犯罪情节及社会危害性综合判定。

3. 秘书需承担的行政或纪律责任
   即使秘书未构成刑事犯罪，若其行为违反单位规章制度或公务员纪律（如公职人员），仍可能面临行政处分，包括警告、记过、降级、撤职或开除等。此外，若秘书通过不正当手段获取利益（如收受礼品、利用职务便利谋私），即使未达到刑事立案标准，也可能受到党纪政纪处分。

建议：若秘书发现自身可能涉及违法犯罪行为，应立即停止并主动向纪检监察机关或司法机关说明情况，争取从宽处理；若仅是正常履职，则无需过度担忧，但需配合调查以证清白。如有具体疑问，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供进一步分析。