在合同纠纷中，关于合同和招标文件的优先顺序，通常遵循以下原则进行确定：
合同协议书优先：
- 合同协议书是合同双方最终达成的正式协议，它明确了双方的权利和义务，具有最高的法律效力。在合同文件与招标文件之间存在不一致或冲突时，合同协议书中的条款应优先适用。这是因为合同协议书是双方经过协商、谈判后达成的最终合意，体现了双方的真实意愿。
中标通知书次之：
- 中标通知书是招标人向中标人发出的正式通知，确认了双方的合同关系。它标志着招标活动的结束和合同关系的初步建立，具有重要的法律意义。在合同协议书未明确约定或未涉及某些事项时，中标通知书中的相关条款可以作为解释和适用的依据。
投标文件及其附件随后：
- 投标文件是投标人向招标人提交的正式文件，详细阐述了投标人的投标条件和承诺。其附件包括技术支持文件、商务文件等，用于进一步说明投标书的内容。这些文件直接反映了投标人的实质性响应内容和承诺，是解释合同和招标文件的重要依据。在合同协议书和中标通知书均未涉及某些事项时，可以参考投标文件及其附件中的相关条款。
专用合同条款与通用合同条款：
- 专用合同条款是针对具体项目制定的特殊条款，用于补充和修改合同通用条款。它们更贴近项目实际情况，能够体现双方对于该项目的特殊要求和约定。在解释合同和招标文件时，专用合同条款应优先于通用合同条款适用。通用合同条款则提供了适用于多数合同项目的标准条款，为双方提供了一般性的权利义务界定。
技术标准、规范及图纸等文件：
- 技术标准、规范及有关技术文件明确了工程建设应遵循的技术规范和质量标准，是确保工程质量的重要依据。图纸则直观展示了工程项目的详细信息，对于工程实施具有指导意义。在解释合同和招标文件时，这些文件应作为辅助依据，用于理解和解释合同中的技术要求。
工程量清单与工程报价单或预算书：
- 工程量清单详细列出了工程项目的各项工程量，是投标报价和结算的重要依据。工程报价单或预算书则详细列出了工程项目的各项费用预算和报价，是招投标双方进行价格谈判和合同签订的基础。在解释合同和招标文件时，这些文件应作为确定工程造价和支付款项的依据。
特殊情况下的优先顺序：
- 在合同履行过程中，双方可能会就工程洽商、变更等事项签订书面协议或文件。这些文件也应视为合同的组成部分，并根据其性质和内容确定其在优先解释顺序中的位置。一般来说，后续签订的协议或文件会优先于先前签订的文件进行解释和适用。
注意事项与建议：
- 灵活约定：虽然上述优先解释顺序是常见的做法，但合同双方完全可以在专用条款中根据具体情况另行约定解释顺序。因此，在实际操作中，应首先查阅专用条款以确定具体的解释顺序。
- 严格遵守：合同双方应严格遵守并认真执行合同文件中规定的优先解释顺序，以确保合同的公平性和一致性。在出现条款冲突或模糊不清的情况时，应按照约定的优先解释顺序进行解释和裁决。
- 及时咨询：在合同纠纷处理过程中，如遇到复杂或疑难问题，建议及时向我咨询，以便获得更专业、更准确的法律意见和帮助。
综上所述，合同和招标文件的优先顺序是一个复杂而细致的问题，需要根据具体情况进行具体分析。在实际操作中，应充分考虑合同双方的意愿、项目实际情况以及相关法律法规的规定，以确定合理的优先解释顺序。