在种子质量纠纷中，具体是按约定还是按国标，需视合同的具体内容以及相关法律法规的规定来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定的情况：

   • 如果双方在合同中明确约定了种子的质量标准，并且该标准不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么应当首先遵循合同中的约定。这是因为合同是双方意思自治的体现，法律尊重并保护当事人的合同自由。
   • 例如，合同中约定种子纯度需达到98%，发芽率需达到90%，那么在发生纠纷时，就应当以这些约定的标准作为判断种子质量是否合格的依据。

2. 合同未明确约定或约定不明的情况：

   • 如果合同中没有明确约定种子的质量标准，或者约定不明确，那么就需要参照国家的相关标准来判断。国家对于种子质量通常会有明确的规定和标准，这些标准具有强制性和普遍适用性。
   • 在这种情况下，如果种子质量不符合国家标准，那么就可以认为种子存在质量问题，出卖人可能需要承担相应的法律责任。

3. 约定与国标冲突的情况：

   • 如果合同中的约定与国家标准存在冲突，那么需要分析该约定是否有效。一般来说，如果合同中的约定低于国家标准，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（但需注意，某些特定情况下，低于国家标准的约定可能因违反公共利益而被认定为无效），那么该约定在双方之间仍然有效，但出卖人仍需确保种子质量至少达到国家标准，否则可能面临行政处罚等法律后果。不过，在民事纠纷中，如果买受人选择以合同约定为标准，且该约定不违法，法院通常会尊重买受人的选择。
   • 如果合同中的约定高于国家标准，那么这是双方对种子质量的更高要求，应当得到尊重和执行。

法律建议：

• 在签订种子买卖合同时，双方应当明确约定种子的质量标准，并尽可能详细地描述各项指标，以避免后续发生纠纷。
• 如果发生种子质量纠纷，双方应当首先查看合同中的约定，并尝试通过协商解决纠纷。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
• 在处理纠纷时，应当注意收集并保存相关证据，如种子样品、检验报告、合同文本等，以便在需要时提供证明。

可能的法律后果：

• 如果出卖人提供的种子质量不符合合同约定或国家标准，买受人可以要求出卖人承担违约责任，如更换种子、退货退款、赔偿损失等。
• 如果出卖人的行为构成欺诈或严重违约，买受人还可以要求解除合同，并要求出卖人承担相应的法律责任。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。