结论：不领证时写的同居协议，在后来偷偷领证的情况下，协议的效力会受到影响，具体取决于协议的内容和性质。

分析：

1. 同居协议的性质：

   • 同居协议通常是在未婚同居关系中，双方为了明确各自的权利和义务而签订的协议。这类协议的内容可能涉及财产分割、生活费用分担、子女抚养等多个方面。
   • 在未领证的情况下，同居协议主要受到合同法的调整，只要协议内容合法、双方自愿且没有违反公序良俗，协议通常是有效的。

2. 领证对同居协议的影响：

   • 当双方后来偷偷领证成为合法夫妻后，他们的关系就受到了婚姻法的调整。此时，原本的同居协议中的某些条款可能与婚姻法的规定产生冲突或重叠。
   • 例如，如果同居协议中规定了财产分割的方式，但婚姻法中对于夫妻共同财产的分割有明确的规定，那么在离婚时，婚姻法的规定将优先适用。
   • 另外，如果同居协议中涉及了子女抚养的问题，但领证后双方成为了合法的父母，子女的抚养问题将更多地受到婚姻法和相关司法解释的调整。

3. 协议的具体内容：

   • 协议的具体内容也是决定其效力的关键因素。如果协议中的条款与婚姻法的规定不冲突，且双方在领证后仍然愿意遵守这些条款，那么这些条款在领证后仍然可能是有效的。
   • 但是，如果协议中的某些条款与婚姻法的规定相悖，或者双方在领证后对协议内容产生了争议，那么这些条款的效力就可能会受到质疑。

建议：

• 对于已经领证的情况：如果双方之前签订了同居协议，并且现在对协议内容有争议或不确定其效力，建议咨询专业律师进行详细的分析和评估。律师可以根据协议的具体内容、双方的实际需求以及婚姻法的规定，给出具体的法律建议。
• 对于未领证但考虑领证的情况：如果双方目前处于未婚同居状态，并考虑未来领证，建议在领证前对同居协议进行审查和修改，以确保其内容与婚姻法的规定相协调，避免未来产生不必要的法律纠纷。

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