转账支票以公司名义或合法授权名义进入公司账户是合法的，具体可分为以下两种情况：

1. 公司名义直接入账
   若转账支票的收款人明确写为公司全称（需与营业执照名称完全一致），且支票用途符合公司经营范围（如货款、服务费等），则可直接存入公司账户。这是最规范的入账方式，无需额外授权。

2. 经合法授权的第三方名义入账
   若支票收款人写为个人或其他主体，但存在以下情形之一，仍可合法入账公司账户：

   • 委托收款协议：公司与收款人签订书面协议，明确授权其代收款项并转入公司账户（需留存协议原件）；
     
   • 业务实质关联：如员工代收业务款后及时转交公司，需提供业务合同、员工身份证明及转账记录等证明资金归属；
     
   • 法院/仲裁裁决：依据生效法律文书要求第三方将款项支付至公司账户。

风险提示：

• 避免使用“借款”“备用金”等模糊用途入账，否则可能被税务机关认定为隐匿收入；
  
• 若支票来源与业务无关（如个人无偿赠与），需按“偶然所得”代扣代缴20%个人所得税；
  
• 严禁通过虚构交易、背书转让等方式套取资金，否则可能涉嫌虚开发票或挪用资金罪。

操作建议：

1. 入账时在支票背面“被背书人”栏填写公司全称，并加盖预留印鉴；
   
2. 同步在银行进账单的“用途”栏注明真实业务背景（如“支付2023年XX项目货款”）；
   
3. 保留合同、发票等原始凭证至少5年，以备税务稽查。
   

如有具体业务场景需要进一步分析，可直接向我说明细节。