快递公司只按照三倍运费赔偿，并不一定违反《民法典》，但具体是否违反需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、赔偿原则与前提
保价情况：
- 若快递已保价，根据《民法典》及相关法律规定，赔偿金额应严格按照保价金额进行全额赔付。这是基于寄件人与快递公司之间事先达成的保价约定，具有法律约束力。在此情况下，快递公司若只按三倍运费赔偿，则明显违反了保价约定和法律规定。
未保价情况：
- 对于未保价的快递，赔偿标准并非固定为三倍运费。根据《民法典》第八百三十三条，货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，且依据相关规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。同时，根据《邮政法》的相关规定，未保价快件发生丢失、损毁或内件短少时，快递公司的赔偿责任以实际损失为基础，但最高赔偿额不得超过所收取资费的三倍。然而，这一规定并非绝对，若寄件人能证明实际损失远超三倍运费，且得到法院认可，法院可能会突破三倍运费的限制进行判决。
二、格式条款的效力
- 部分快递公司在运单或服务协议中设定了未保价快件丢失按一定倍数（如三倍运费）赔偿的格式条款。但根据《民法典》第四百九十七条，若这些条款不合理地减轻或免除快递公司责任、加重寄件人责任或排除其主要权利，则此类条款可能被视为无效。因此，在判断快递公司是否违反《民法典》时，需审查这些格式条款的合法性。
三、实际损失赔偿原则
- 在未保价且格式条款无效或未约定的情况下，赔偿应遵循民事法律中关于合同违约赔偿的一般原则，即快递公司应赔偿寄件人因此遭受的实际损失。这要求寄件人提供能够证明快件价值的证据，如购买发票、收据、物品清单等。若寄件人能证明实际损失远超三倍运费，则快递公司仅按三倍运费赔偿将违反《民法典》的实际损失赔偿原则。
四、特殊情况下的赔偿
- 若快递公司的丢失行为系由故意或重大过失导致，根据《民法典》及相关法律规定，寄件人有权要求快递公司按照原价进行赔偿，不受任何限制条款的约束。在此情况下，快递公司若只按三倍运费赔偿，则明显违反了法律规定。
五、建议与操作
保留证据：
- 寄件人在寄送快递时，应务必保留好相关价值证明和快递单号等证据材料，以便在需要时进行索赔。
选择保价服务：
- 为降低风险，寄件人在寄送快递时应尽量选择保价服务，这样在发生丢件时能够获得更充分的赔偿保障。
及时沟通与索赔：
- 一旦发现快递丢失或损坏，寄件人应立即联系快递公司，并提供快递单号及有效证件进行索赔。若赔偿金额有争议，可协商、调解或向邮政管理部门投诉，甚至提起诉讼。
总结：快递公司只按照三倍运费赔偿是否违反《民法典》，需结合快递是否保价、实际损失情况、快递公司的过错程度以及相关法律法规的综合考量来确定。若寄件人认为赔偿金额不合理，可寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。